| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 871,188 | A→T | 6.5% | intergenic (+33/+42) | PP_0753 → / ← PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 871,188 | 0 | A | T | 6.5% | 583.1 / 21.7 | 169 | intergenic (+33/+42) | PP_0753/PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/79); new base T (5/6); total (84/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TTTCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTG > NC_002947/871041‑871337 | tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 2:808749/150‑1 (MQ=255)tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 1:3196067/150‑1 (MQ=255)tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 1:2535646/150‑1 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aGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTg < 2:3664919/150‑1 (MQ=255) | TTTCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTG > NC_002947/871041‑871337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |