Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 871,190 | T→A | 6.7% | intergenic (+35/+40) | PP_0753 → / ← PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 871,190 | 0 | T | A | 6.7% | 551.5 / 21.3 | 164 | intergenic (+35/+40) | PP_0753/PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/74); new base A (5/6); total (84/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTTCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGC > NC_002947/871041‑871339 | tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCCGCTGGGGGGTGGTGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 2:2491631/150‑1 (MQ=255) tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 2:808749/150‑1 (MQ=255) tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 2:3828933/150‑1 (MQ=255) tttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGt < 1:1823778/150‑1 (MQ=255) ttCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTCAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTg > 1:4061408/1‑150 (MQ=255) tCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGGCAGTCAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGa > 1:473066/1‑150 (MQ=255) cGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGAc < 1:638858/150‑1 (MQ=255) gcgccatgcCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGAAGCCCTGACACGACTGTTCAAGGAACCGAGCATAGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACACGCTGCCTGAGTGACAg > 1:2186801/8‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |