| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 871,191 | G→C | 6.7% | intergenic (+36/+39) | PP_0753 → / ← PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 871,191 | 0 | G | C | 6.7% | 556.9 / 23.4 | 164 | intergenic (+36/+39) | PP_0753/PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/74); new base C (5/6); total (84/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TTCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGC > NC_002947/871042‑871339 | tCGGCATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGGCAGTCAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGa > 1:473066/1‑150 (MQ=255) cATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAgg < 1:2128674/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGc < 1:637724/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |