| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 954,436 | T→C | 6.7% | L92P (CTG→CCG) | cyoE → | protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 954,436 | 0 | T | C | 6.7% | 665.8 / 24.1 | 208 | L92P (CTG→CCG) | cyoE | protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/88); new base C (7/7); total (113/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TGATCGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGT > NC_002947/954289‑954585 | tgATCGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGc > 2:4356127/1‑150 (MQ=255) aTCGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTc > 1:3078858/1‑150 (MQ=255) ggTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCggg < 1:2969356/150‑1 (MQ=255) ggTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCggg < 2:2697804/150‑1 (MQ=255) aCTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTg > 2:2192606/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 1:3560386/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 2:266391/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGc < 1:3774348/150‑1 (MQ=255) 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tgtTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTGATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAgg > 2:21197/1‑150 (MQ=255) tgtTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAgg > 2:3947782/1‑150 (MQ=255) tgtTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAgg < 2:3533693/150‑1 (MQ=255) ttCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGcc > 2:1553692/1‑150 (MQ=255) aacaacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAAc > 2:1730442/1‑150 (MQ=255) aacaacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAAc > 2:2929608/1‑150 (MQ=255) aacaacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGACCAAc > 2:140805/1‑150 (MQ=255) acaacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAAcc > 2:3814520/1‑150 (MQ=255) aacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCg < 1:870626/150‑1 (MQ=255) tGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTg > 1:2666844/1‑150 (MQ=255) 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cacaAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGAtt < 1:1202816/150‑1 (MQ=255) acaAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTg < 2:59279/150‑1 (MQ=255) acaAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTg > 1:2364572/1‑150 (MQ=255) caAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTgg < 2:4292095/150‑1 (MQ=255) aaGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGc < 1:677247/150‑1 (MQ=255) 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cTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTg < 2:4469728/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAcccgac < 1:1675337/150‑4 (MQ=255) | TGATCGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGT > NC_002947/954289‑954585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |