| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 954,441 | G→A | 6.9% | G94R (GGG→AGG) | cyoE → | protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 954,441 | 0 | G | A | 6.9% | 636.3 / 23.5 | 202 | G94R (GGG→AGG) | cyoE | protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/83); new base A (7/7); total (112/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCGGGT > NC_002947/954293‑954590 | cGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCgg < 1:1019948/150‑1 (MQ=255)cGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCgg < 2:177246/150‑1 (MQ=255) ggTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCggg < 2:473839/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 2:2164202/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGc < 1:3774348/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTACAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 2:369577/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGCg < 2:852935/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGCg > 1:852935/1‑150 (MQ=255) 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tCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCgg > 1:1013404/1‑150 (MQ=255) ggggTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGACCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCGGGt < 1:140805/150‑1 (MQ=255) | CGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCGGGT > NC_002947/954293‑954590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |