| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,025,310 | A→T | 8.4% | intergenic (‑161/+68) | opdP ← / ← dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,025,310 | 0 | A | T | 8.4% | 404.7 / 3.4 | 151 | intergenic (‑161/+68) | opdP/dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/63); new base T (5/9); total (75/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTG > NC_002947/1025161‑1025458 | ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa > 2:2328070/1‑150 (MQ=255)ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa < 1:2327792/150‑1 (MQ=255)ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa < 1:1752934/150‑1 (MQ=255)ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATAGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa > 2:2328060/1‑150 (MQ=255) tcttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGGCAGCCCCCTCCCTCAGGTAGGGCGCAgtgt > 1:1314692/1‑150 (MQ=255) cttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTc < 2:1624289/150‑1 (MQ=255) ttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTcc < 2:1445313/150‑1 (MQ=255) tAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAAcc > 1:1826326/1‑150 (MQ=255) 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tgtgGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgg > 1:2782745‑M2/1‑148 (MQ=255) tgGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTggga > 1:1389135‑M2/1‑146 (MQ=255) tgGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTggga > 1:1388926‑M2/1‑146 (MQ=255) tcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtaccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCggg > 2:1025110‑M1/76‑150 (MQ=255) gggTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggc > 1:3475650‑M2/1‑140 (MQ=255) 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ccGCACCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggccagaacggccaacacaacgccccgattctgcccggcgatcccgcggcacccctggcaacaccgcagcaatcacccgg < 2:4231420‑M2/150‑104 (MQ=255) cGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggccagaacggccaacacaacgccccgattctgcccggcgatcccgcggcacccctggcaacaccgcagcaatcacccggc < 2:1497147‑M2/150‑105 (MQ=255) gCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggccagaacggccaacacaacgccccgattctgcccggcgatcccgcggcacccctggcaacaccgcagcaatcacccggcc < 1:925290‑M2/150‑106 (MQ=255) GCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAAc < 1:3904659‑M1/150‑1 (MQ=255) tCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggccagaacggccaacacaacgccccgattctgcccggcgatcccgcggcacccctggcaacaccgcagcaatcacccggccca < 1:3427667‑M2/150‑108 (MQ=255) TCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCt < 1:2945864‑M1/150‑1 (MQ=255) CTCTGGTCGGGCGCCGTGTCCGACCCTGTCGAGATCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGa > 2:3800576‑M1/1‑150 (MQ=255) CTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGa < 1:541356‑M1/150‑1 (MQ=255) tCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGAc > 2:2678430/1‑150 (MQ=255) tCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGAc > 1:4342314/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCggctg > 1:887048/1‑150 (MQ=255) cAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCggctg > 1:2174193/1‑150 (MQ=255) | CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTG > NC_002947/1025161‑1025458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |