Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,382,332 | A→T | 5.1% | intergenic (+12/+15) | dinB → / ← PP_1204 | DNA polymerase IV/lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,382,332 | 0 | A | T | 5.1% | 817.2 / 19.3 | 234 | intergenic (+12/+15) | dinB/PP_1204 | DNA polymerase IV/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/120); new base T (6/6); total (108/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GACCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTCCTCTTCAAG > NC_002947/1382183‑1382481 | gACCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCaa < 1:4281241/150‑1 (MQ=255) gACCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCaa > 2:909823/1‑150 (MQ=255) gACCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCaa < 1:1582578/150‑1 (MQ=255) aCCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAAt < 1:3290661/150‑1 (MQ=255) cTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGc < 2:2844061/150‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTCGGGGTCGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCACATGAAAGGGGCTGCAATGCa > 2:4122551/1‑150 (MQ=255) tGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCa < 1:4457681/150‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCa < 1:1531185/150‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCa > 2:2733254/1‑150 (MQ=255) ggAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAg > 2:724548/1‑150 (MQ=255) gagaGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGc < 1:685596/150‑1 (MQ=255) gagaGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGc < 1:4039659/150‑1 (MQ=255) gagTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGccc < 2:838653/150‑1 (MQ=255) gagTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGccc < 2:287153/150‑1 (MQ=255) agTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGcccc < 1:3921901/150‑1 (MQ=255) gTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCATTGCAGCCCCt < 1:2258688/150‑1 (MQ=255) gTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCATCCCCt > 2:568571/1‑150 (MQ=255) tCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTa > 2:660363/1‑150 (MQ=255) 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ggCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATc > 1:1923710/1‑150 (MQ=255) gCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATcc > 2:269327/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCTCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGc < 1:1128407/150‑1 (MQ=255) ccGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCaa > 2:2801254/1‑150 (MQ=255) ggcAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCa > 1:2106334/1‑150 (MQ=255) 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gAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAgg < 2:2222772/150‑1 (MQ=255) gAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCACCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAgg < 1:3654282/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTg > 1:479295/1‑150 (MQ=255) tttCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGt > 2:996820/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGtt > 1:3269736/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGtt > 2:3332579/1‑150 (MQ=255) ccGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCTGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTcc > 1:972433/1‑150 (MQ=255) cccAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCAtt > 2:3890995/1‑150 (MQ=255) cAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTc > 1:2618525/1‑150 (MQ=255) gaaGGGGCTGCATTGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGc > 1:2217830/2‑150 (MQ=255) aaGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCt > 2:546249/1‑150 (MQ=255) ggggCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTc < 1:2546528/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTc < 2:211155/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTc < 1:1707996/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTc < 2:3049114/150‑1 (MQ=255) 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aTGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTCCTCTTCAAg < 1:1811564/150‑1 (MQ=255) aTGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTCCTCTTCAAg < 2:2932256/150‑1 (MQ=255) | GACCTGGAGAGTTATCGGCAATTGCTGGGGCAGGCGTTCGCCCGTGGCGGCAAGCCGGTGCGCTTGCTAGGGGTAGGGGTGAGGTTGCGTGACTTGCGGGGCGCGCATGAACAGTTGGAGCTGTTTCCGCCCAAATGAAAGGGGCTGCAATGCAGCCCCTTCTATTAATGCACGCCTGGATCCGCCACCAACCGGCCAGTGGCCTTGGTAAGCGACTGCAGGAACTCCTGCTGCAGCTCCGGATCGTTGCGGGTCAGCTCGATCAGGCTCTGTTCCATTTCACTGGCTTCCTCTTCAAG > NC_002947/1382183‑1382481 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |