| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,414,217 | G→A | 5.3% | S86S (AGC→AGT) ‡ | PP_1236 ← | glycine cleavage system transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,414,217 | 0 | G | A | 5.3% | 792.2 / 21.4 | 244 | S86S (AGC→AGT) ‡ | PP_1236 | glycine cleavage system transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/83); new base A (9/4); total (157/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GGCGCCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGACCACCGC > NC_002947/1414068‑1414366 | ggcgCCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGGGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGTCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCcgcg > 2:2953630/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCgcgc > 1:526870/1‑150 (MQ=255) cgcCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCt < 2:3073192/150‑1 (MQ=255) ggtaggtGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGa > 2:690022/1‑150 (MQ=255) aggtGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCa > 1:2561359/1‑150 (MQ=255) gtgtCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACg < 1:4518246/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACg > 2:3491021/1‑150 (MQ=255) gtCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCAGCGCGGACCaggaa < 1:1232294/150‑5 (MQ=255) tCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCg > 1:3999236/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCg > 1:2905467/1‑150 (MQ=255) gCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAg > 1:3926673/1‑150 (MQ=255) gCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAg > 1:2075998/1‑150 (MQ=255) aGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAggg > 2:1432527/1‑150 (MQ=255) aTGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCATGGAAGAACTGGCACTGCTGGTTGATGTGGTCCGGGCGGTTGGCTGCGCTCACGTAGGCCACATACGGACGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGGGGACCACGTCGAGGGTCAgg < 1:2895287/150‑1 (MQ=255) aTGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAgg > 2:4256463/1‑150 (MQ=255) tGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGc > 2:4003381/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGcc < 2:1093718/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGcc > 1:1055812/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCa < 2:3792883/150‑1 (MQ=255) gcgcACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAg > 1:3770749/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAg > 2:3264431/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGa > 1:1841920/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGa > 2:397012/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGTCCGCGATGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGAGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGa < 1:2953630/150‑1 (MQ=255) tCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAg < 2:2545885/150‑1 (MQ=255) acgtGGTCCGCAGCGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGcgcgcg > 1:2734971/4‑148 (MQ=255) acgtGGTCCGCAGCGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAg > 2:2811443/4‑150 (MQ=255) acgtGGTCCGCAGCGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAg > 1:549216/4‑150 (MQ=255) tGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTg < 2:2075998/150‑1 (MQ=255) tGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTg < 2:2910051/150‑1 (MQ=255) gTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGac < 1:177928/150‑1 (MQ=255) gTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGac > 1:1279173/1‑150 (MQ=255) cgcgCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGaccac < 1:3146414/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGaccacc > 2:2159230/1‑150 (MQ=255) gcTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGACCACcgc < 1:1469149/150‑1 (MQ=255) | GGCGCCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTGGTCCGCGCTGCGGACCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGACCACCGC > NC_002947/1414068‑1414366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |