| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,528,838 | C→A | 5.0% | G379G (GGC→GGA) | ftsA → | cell division protein FtsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,528,838 | 0 | C | A | 5.0% | 823.3 / 21.4 | 239 | G379G (GGC→GGA) | ftsA | cell division protein FtsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/123); new base A (9/3); total (113/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GGCACCGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGC > NC_002947/1528689‑1528987 | cACCGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCct < 2:2777241/150‑1 (MQ=255) aCCGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctg < 1:1309187/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgc < 2:2486650/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgc > 2:4379956/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgc < 1:4513243/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCGTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgc < 2:3830172/150‑1 (MQ=255) gcgAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgctg > 1:2334664/1‑150 (MQ=255) gATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCa < 1:2639961/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGCCGTCGAGCTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTcc > 1:1477240/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCg < 2:1832572/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 2:1685257/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 2:1685447/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 1:3096565/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 1:4331400/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGACTGCTTCAGCAGGCCgta < 2:2210309/150‑3 (MQ=255) ccGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACt < 1:3745689/150‑1 (MQ=255) ccGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACt < 1:625185/150‑1 (MQ=255) cGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGc < 1:2123721/150‑1 (MQ=255) 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gCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGAcc > 2:501837/1‑150 (MQ=255) gCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGAcc < 1:3347113/150‑1 (MQ=255) cGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCgg > 2:789114/1‑150 (MQ=255) gAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGt > 2:3520564/1‑150 (MQ=255) gAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACCGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTaac > 2:4004902/1‑150 (MQ=255) 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2:2463476/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAAcagcagc > 2:1134091/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAAcagcagca < 2:3827694/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACATCTAt < 1:2623916/150‑1 (MQ=255) gggCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATgg > 1:3788526/1‑150 (MQ=255) gggCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATgg < 2:1399480/150‑1 (MQ=255) 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gCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCa < 1:492202/150‑1 (MQ=255) tCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagt > 2:2722467/1‑150 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2688037/150‑1 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2326358/150‑1 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta > 2:4451409/1‑150 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2247022/150‑1 (MQ=255) cACCTACGACCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta > 1:3942840/1‑150 (MQ=255) aCCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtag > 1:2914705/1‑150 (MQ=255) ccTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt < 2:3132943/150‑1 (MQ=255) cTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTg > 2:3457476/1‑150 (MQ=255) tACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTgg > 2:1241185/1‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGc < 2:4018083/100‑1 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 2:422126/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:2262201/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:876964/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:3145192/2‑150 (MQ=255) aCGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt < 1:2725135/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAg < 1:3392706/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt > 2:535871/1‑144 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAgg > 1:4219048/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGgc < 2:429616/150‑1 (MQ=255) | GGCACCGCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGC > NC_002947/1528689‑1528987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |