| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,528,844 | G→T | 5.3% | L381L (CTG→CTT) | ftsA → | cell division protein FtsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,528,844 | 0 | G | T | 5.3% | 781.8 / 23.5 | 226 | L381L (CTG→CTT) | ftsA | cell division protein FtsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/117); new base T (9/3); total (106/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGCAAC > NC_002947/1528695‑1528992 | gcgAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgctg > 2:1178360/1‑150 (MQ=255)gcgAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgctg > 2:3853684/1‑150 (MQ=255)gcgAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCctgctg > 1:2334664/1‑150 (MQ=255) cgAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGa > 2:4203702/1‑150 (MQ=255) gAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGaa < 2:3985713/150‑1 (MQ=255) gAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGaa < 2:2957900/150‑1 (MQ=255) gATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCa > 2:4015120/1‑150 (MQ=255) gATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCa < 1:2639961/150‑1 (MQ=255) tGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGt > 2:1372718/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCg < 2:1832572/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑a < 2:2887331/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑a < 2:1685397/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑a < 1:3096565/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑a < 1:1392929/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGACTGCTTCAGCAGGCCgta < 2:2210309/150‑3 (MQ=255) ccGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACt < 1:3745689/150‑1 (MQ=255) ccGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACt < 1:625185/150‑1 (MQ=255) tCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTgg > 1:1545011/1‑150 (MQ=255) tCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTgg < 2:3647884/150‑1 (MQ=255) cGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGc < 1:2123721/150‑1 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGcc < 1:1029859/150‑1 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGcc < 2:1545685/150‑1 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGcc > 1:3827694/1‑150 (MQ=255) aCTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCt > 1:4310239/1‑150 (MQ=255) ggCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGAc < 2:2402913/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGAcc < 1:3347113/150‑1 (MQ=255) cGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCgg > 2:789114/1‑150 (MQ=255) cGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCgg > 2:3256030/1‑150 (MQ=255) gAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGt > 2:3520564/1‑150 (MQ=255) gAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTaac < 2:2622995/150‑1 (MQ=255) aaaTCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTaaca < 1:2167993/150‑1 (MQ=255) aaTCTTCCACATGCCGGTACGCATGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑Ag < 1:3001188/127‑1 (MQ=255) cTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTaacagcaa < 2:653145/150‑1 (MQ=255) 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cTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCaaa < 1:791579/150‑1 (MQ=255) gCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCa < 1:492202/150‑1 (MQ=255) tCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagt > 2:4417770/1‑150 (MQ=255) tCACCTACGGCCTGATGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagt > 1:1612719/1‑150 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2688037/150‑1 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2326358/150‑1 (MQ=255) cACCTACGACCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta > 1:3942840/1‑150 (MQ=255) aCCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtag > 1:2914705/1‑150 (MQ=255) cTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTg > 2:3457476/1‑150 (MQ=255) ctcGGACTGCTTCAGCAGGCCGTAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTg > 1:3412929/3‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGc > 1:4018083/2‑101 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:2262201/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:877002/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:876931/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 2:3086995/2‑150 (MQ=255) aCGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt < 1:2725135/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt > 2:535871/1‑144 (MQ=255) ccTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGgc < 2:429616/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGgc < 2:2130773/150‑1 (MQ=255) ctgAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACTGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaa < 1:1178360/150‑1 (MQ=255) ctgAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaa < 2:1726106/150‑1 (MQ=255) tgAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaac > 1:1071860/1‑150 (MQ=255) | GCGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCG‑AGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGCAAC > NC_002947/1528695‑1528992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |