| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,528,845 | A→C | 5.7% | K382Q (AAG→CAG) | ftsA → | cell division protein FtsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,528,845 | 0 | A | C | 5.7% | 772.7 / 27.5 | 227 | K382Q (AAG→CAG) | ftsA | cell division protein FtsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/118); new base C (10/3); total (106/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGCAACAA > NC_002947/1528696‑1528994 | gATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCa < 1:2639898/150‑1 (MQ=255) gATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCa > 1:2578914/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGt > 2:1372718/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTc < 2:4305350/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 1:3096574/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 2:2887331/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 2:1685257/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 1:1392929/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGa < 1:4331400/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGACTGCTTCAGCAGGCCgta < 2:1078073/150‑3 (MQ=255) ccGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACt < 1:454872/150‑1 (MQ=255) gTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTg < 2:2322644/150‑1 (MQ=255) tCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTgg < 2:3647884/150‑1 (MQ=255) tCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTgg > 1:1545011/1‑150 (MQ=255) cGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGc < 1:2123721/150‑1 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGcc < 2:1545685/150‑1 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGcc > 2:3880768/1‑150 (MQ=255) gAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGcc < 1:1029859/150‑1 (MQ=255) aCTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCt > 1:4478142/1‑150 (MQ=255) ggCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGAc < 2:2402913/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGAcc > 2:1448415/1‑150 (MQ=255) gCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGAcc > 1:269426/1‑150 (MQ=255) cGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCgg > 2:789114/1‑150 (MQ=255) 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cTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTaacagcaa < 2:653145/150‑1 (MQ=255) ttCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTaacagcaac > 2:518795/1‑150 (MQ=255) ggTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCaa > 1:663146/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTAt < 1:365983/150‑1 (MQ=255) gggCGTGCCGCACCGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATgg < 2:4073746/150‑1 (MQ=255) 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tCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagt > 2:1977025/1‑150 (MQ=255) tCACCTACGGCCTGATGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagt > 1:1612719/1‑150 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta < 2:2688037/150‑1 (MQ=255) cACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagta > 2:4451409/1‑150 (MQ=255) aCCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtag > 1:3388364/1‑150 (MQ=255) ccTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt < 1:956669/150‑1 (MQ=255) cTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTg > 2:3457476/1‑150 (MQ=255) cTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTg < 1:2469097/150‑1 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGc < 2:4018083/100‑1 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 2:422126/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:876964/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 1:2262201/2‑150 (MQ=255) tcGGACTGCTTCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGt > 2:3086995/2‑150 (MQ=255) gactgcttCAGCAGGCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAgg > 1:709445/3‑150 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt > 2:535871/1‑144 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCagtagt < 1:535871/144‑1 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAgg > 1:4219048/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGgc < 2:2130773/150‑1 (MQ=255) ctgAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACTGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaa < 1:1178360/150‑1 (MQ=255) ctgAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaa < 2:1726106/150‑1 (MQ=255) tgAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaac > 1:1071860/1‑150 (MQ=255) aaGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGcaacaa > 2:3372394/1‑150 (MQ=255) | CGAAGATGGAAGGCGCCGTCGAACTGGCCGAGGAAATCTTCCACATGCCGGTACGCCTGGGCGTGCCGCACAGCGTTCGGGGGCTGAGCGACGTGGTGCGCAACCCGATCTATTCCACTGGTGTGGGCTTGCTCACCTACGGCCTGCTGAAGCAGTCCGAGGACTTGGCCCTGACCGGTAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCTATGGCGATGAACCGAAGGCCCCAGTGCTTGAACGCTTCAAGAAGTGGGTCCAGGGCAACTTCTAAGTTTCAAAGCAGTAGTGGTAGGCGCAACAA > NC_002947/1528696‑1528994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |