Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,642,306 | G→A | 8.7% | intergenic (‑92/+60) | PP_1442 ← / ← lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,642,306 | 0 | G | A | 8.7% | 384.1 / 19.9 | 126 | intergenic (‑92/+60) | PP_1442/lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/46); new base A (4/7); total (73/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGCGCAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAA > NC_002947/1642158‑1642452 | gcgcAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGcc > 1:2984014/1‑150 (MQ=255) aaGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGACCGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCa > 1:1764901/1‑150 (MQ=255) gCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAgg > 2:868313/1‑150 (MQ=255) cAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAggg < 1:4183843/150‑1 (MQ=255) acacaGCGGGGCGAAGCGCAGGGGCACGTGGAGACGAGGAGGGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGGGGTGGCCTGAGGATGCCCGCGGGTCGAGGAACGTTGTGCT‑GCCGGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTCAGCACGCGCCTGCAgggg > 2:1637806/5‑150 (MQ=255) aaaGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTa > 1:2074232/1‑150 (MQ=255) aaaGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTa < 1:1995463/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTacgc < 2:3993102/150‑4 (MQ=255) gggCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTTCTAGCCTGCACCGCCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCTGCACGGGTacgcta < 2:4061815/150‑6 (MQ=21) ggCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTAcc > 2:46216/1‑150 (MQ=255) tCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAgg > 2:253392/1‑150 (MQ=255) aGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCACCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAggcg < 2:2283653/150‑3 (MQ=38) ggggAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTATGCCCGCGCCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAGgcgc < 2:1150973/150‑1 (MQ=39) ggggAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGc > 2:730898/1‑150 (MQ=255) ggggAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGc > 2:733667/1‑150 (MQ=255) ggggAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGc > 1:3725316/1‑150 (MQ=255) ggAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCgg < 1:1584395/150‑1 (MQ=255) gAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGGTGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCggg > 1:476786/1‑150 (MQ=255) 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gTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGCAAGCCCGCACCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAGGCGCGGGCTTACTCGCGaaa < 2:2746363/143‑2 (MQ=21) tCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGt > 1:132965/1‑150 (MQ=255) gtggCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAgg > 2:3674349/1‑150 (MQ=255) tggCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGc < 1:4100847/150‑1 (MQ=255) tCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGa > 2:3549641/1‑150 (MQ=255) 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t‑gcCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGTCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGcc > 1:3426896/1‑150 (MQ=255) t‑gcCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGcc > 2:4191721/1‑150 (MQ=255) gcCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCt > 1:644293/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTc > 1:1934300/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTcg > 2:1424455/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTcg < 2:3810833/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTcgc > 1:4331863/1‑150 (MQ=255) ccGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCa > 1:118343/1‑150 (MQ=255) ccGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCa < 1:921885/150‑1 (MQ=255) cGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAg > 1:1896162/1‑150 (MQ=255) cGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAg > 2:4183288/1‑150 (MQ=255) gTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGt > 1:2089322/1‑150 (MQ=255) gTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGt > 1:1504626/1‑150 (MQ=255) gTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGt > 2:2156676/1‑150 (MQ=255) tCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCg < 2:1764901/150‑1 (MQ=255) cgAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCa < 2:3822059/150‑1 (MQ=255) cgAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCa < 2:3757083/150‑1 (MQ=255) cgAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCa < 2:3196992/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGttcttc > 1:1033126/1‑150 (MQ=255) cccGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGACGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCg > 2:2697659/1‑150 (MQ=255) cccGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCg < 2:3181327/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa < 2:132965/150‑1 (MQ=255) ccGCACCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa > 1:2802041/1‑150 (MQ=38) ccGCACCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAGGCGCGGGCTTACTCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa > 2:454977/1‑150 (MQ=37) ccGCACCTGCACGGGTACGCTACCCCTGCAGGCGCGGGCTTACTCGCGAAAGGACCGGCACAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa > 2:4517222/1‑150 (MQ=18) cgcgCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa > 1:393260/1‑150 (MQ=255) cgcgCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa > 1:393177/1‑150 (MQ=255) | CGCGCAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCT‑GCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAA > NC_002947/1642158‑1642452 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |