| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,925,754 | A→T | 12.3% | intergenic (‑11/+89) | PP_1725 ← / ← PP_1726 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,925,754 | 0 | A | T | 12.3% | 299.8 / 18.6 | 107 | intergenic (‑11/+89) | PP_1725/PP_1726 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/74); new base T (6/7); total (26/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AGCGCGGCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGC > NC_002947/1925607‑1925902 | aGCGCGGCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTaaa > 2:1576266/1‑150 (MQ=255)aGCGCGGCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTaaa > 2:757937/1‑150 (MQ=255) gcgcggcgcgGTCGGCCCCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCACCGCCTGGTGGGCGACCTGCTAGTTGCGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGCCGTTGTGTTGCATGGTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTaacc < 1:2506875/150‑3 (MQ=255) cgcggcgcggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTaaatc < 2:3712875/150‑3 (MQ=255) cgcggcgcggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAAcc < 2:1471220/150‑1 (MQ=255) gcggcgcggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGGTAAccc > 1:3194888/1‑150 (MQ=255) ggcgcggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 1:1667273/150‑1 (MQ=255) cggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTTACCCGcgaag < 1:3509941/150‑5 (MQ=255) cggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTTACCCGcgaag < 1:3553952/150‑5 (MQ=255) cggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTTACCCGcgaag < 1:3553697/150‑5 (MQ=255) cggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTTACCCGcgaag < 1:3510280/150‑5 (MQ=255) cggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTTACCCGcgaag < 2:802510/150‑5 (MQ=255) ggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:2054111/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:2054186/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:2054167/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:1842097/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:2767701/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:2767994/150‑1 (MQ=255) 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gACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAGCCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATcgc < 2:794710/150‑1 (MQ=255) gACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATcgc < 2:1498998/150‑1 (MQ=255) gACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATcgc < 1:2466913/150‑1 (MQ=255) gACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATcgc < 1:563377/150‑1 (MQ=255) gACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATcgc < 1:4047252/150‑1 (MQ=255) 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cccATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑g < 2:4273608/150‑1 (MQ=255) ccATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCCCACCGAAATGTATCGCGTATCCCGGTGTAGGAGC‑gg > 1:2950109/1‑150 (MQ=255) ccATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑gg > 2:2535722/1‑150 (MQ=255) cATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGGGAACACCCCCCGACAAGTATAGCGGATACCCGTGTATGAGC‑ggg > 1:4371594/1‑150 (MQ=255) aTCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGt < 2:1757419/150‑1 (MQ=255) 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ttGCATGTGTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCgat < 2:2054597/150‑1 (MQ=255) tggctgtttttCTCCCGACATCACCCGCGTTGGCACATGCGG‑GGTTAAACCCGCTCATACTGGTATCGCTTATCCCTTTTTGGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCgat < 1:2416731/143‑1 (MQ=255) gctttttttCTCCATTCTTGAACGGCGTGGGCACCTTCGC‑GGTTAAACCCGCTCCTACTTGTTGCGGGTTTCCCTGTGTCGGAGG‑GGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCgatga < 1:545957/145‑1 (MQ=255) ttCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAAACCGCACCAAAAATTATAGCGTATACCCGTGTAGGTGC‑GGGTTTACACGCGCAAGGGCCCGGAAAGGCACTACAAAACCCACCCCCAGACAACATCAAgatgataaacgg > 2:1583773/1‑144 (MQ=255) cAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCt < 2:644675/150‑1 (MQ=255) 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cgTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTGAATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCgg < 2:3348888/150‑1 (MQ=255) cgTGGGCACCTGCGC‑GGGAAAACCCGCTCCTACCTGTAGCGCGTATCCCTGGTTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCCTCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCgg < 2:2262813/150‑1 (MQ=255) ttGGCACCTTCGG‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTTGCGCTTTTCCCTGTGTTGGTGG‑GGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCa < 1:757937/150‑1 (MQ=255) ttGGCACCTTCGG‑GGGTAAACCCGATCCTACTTTTTTCGCTTATCCCTTTGTAGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCa < 1:3141230/150‑1 (MQ=255) ttGGCACCTTCGC‑GGGTAACCCCGCTCCTACCTGTATCGCGTATCCCTGTGTCGGTGG‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCa < 1:491636/150‑1 (MQ=255) ttGGCACCTGCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTCCAGGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCa < 2:3838749/150‑1 (MQ=255) cccTGCGC‑GGGTAACCCCGCACCTACCGGTATCGCGTATCCCGGTGTCGGAGC‑GGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTttc < 1:4307491/149‑1 (MQ=255) cTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCATATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTttctt < 1:3302406/150‑1 (MQ=255) gagc‑gGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTACCACATCTGCGGCAGTTTCTTCg > 2:3075235/3‑150 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAg > 2:2405502/1‑150 (MQ=255) ggggttAAACCCGCTCCTACATGTTTCGCGTATCCGTGTTTAGGTGG‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAg < 1:1576266/145‑1 (MQ=255) tAACCCCGCGCCTACCGGTATCGCGTAGCCCGGTGTAGGAGC‑GGGGTTACCCGCGCAAGGGCCGGATCAGGCACTACACAGCCCAGCCCCGTACGCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGc < 2:4316253/150‑1 (MQ=255) | AGCGCGGCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGC > NC_002947/1925607‑1925902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |