Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 233,833 | C→G | 6.0% | intergenic (+21/+42) | PP_0180 → / ← PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 233,833 | 0 | C | G | 6.0% | 672.3 / 25.7 | 201 | intergenic (+21/+42) | PP_0180/PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/109); new base G (7/5); total (87/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.03e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCCC > NC_002947/233685‑233982 | aGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCccca > 2:794101/1‑150 (MQ=255) gTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAg < 2:1911046/150‑1 (MQ=255) ttCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAgg < 2:566423/150‑1 (MQ=255) gtCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGTGCCTGCGCCGGCCCCCAgg > 1:3740741/2‑150 (MQ=255) cGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGa < 1:991862/150‑1 (MQ=255) gACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGAc > 1:1864669/1‑150 (MQ=255) tggctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACcgc < 2:115588/150‑1 (MQ=255) ctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 1:3658398/150‑1 (MQ=255) 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aGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCg < 1:752409/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCgg < 2:960173/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCt > 1:3617471/2‑150 (MQ=255) tGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTg > 2:290075/1‑150 (MQ=255) cgcgGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGAt < 1:258697/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTc > 1:218396/1‑150 (MQ=255) cccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCa < 2:2257304/150‑1 (MQ=255) cccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCa < 1:2921496/150‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATcc > 1:4265505/1‑136 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATcc < 2:4265505/136‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 1:330817/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 1:3143827/1‑150 (MQ=255) cacaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGc > 1:1563833/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc > 2:3858270/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc > 2:2220337/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc > 2:2645804/1‑150 (MQ=255) caGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGccc > 2:3142507/1‑150 (MQ=255) | AGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCCC > NC_002947/233685‑233982 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |