Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,080,262 | 0 | T | G | 9.1% | 312.3 / 4.1 | 130 | intergenic (+82/+33) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/58); new base G (7/8); total (64/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCC > NC_002947/2080114‑2080411 | ttttGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTtg < 1:2527953/150‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGAGAAGTATGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAAATATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCAGCACCCACAGGGATATCACACCCCTGAAGACAGAGGGGTCCTtgt > 2:3734241/1‑150 (MQ=255) tgtgGTGGTGGAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCAGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTgg < 2:3091256/150‑1 (MQ=255) 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TTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCC > NC_002947/2080114‑2080411 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |