| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,097,154 | G→C | 9.0% | intergenic (‑240/+77) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,097,154 | 0 | G | C | 9.0% | 472.3 / 30.4 | 145 | intergenic (‑240/+77) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/60); new base C (7/6); total (79/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2097005‑2097303 | aaCTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcg > 1:3198329/1‑150 (MQ=255) cTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcgcg < 1:219245/150‑1 (MQ=255) gtgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg < 1:2029334/150‑1 (MQ=255) 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cggAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc < 2:2485274/150‑1 (MQ=255) ggAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCg < 2:2527217/150‑1 (MQ=255) tgTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGAt < 2:723118/149‑1 (MQ=255) aGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGAt < 2:2285882/150‑1 (MQ=255) aGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGAt < 1:3610680/150‑1 (MQ=255) 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gtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCg < 2:1900044/150‑1 (MQ=255) gtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCCCGTCGAACCACAACGAGCCCCCCGCGCCCCCCGCGAACCCAACAGCGAATAAACCATCAGGGAATTTCCCATCCGGCCaaattccc > 1:2116381/1‑144 (MQ=21) tggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTTGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGc > 2:3581349/1‑150 (MQ=255) tggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGc < 2:1510146/150‑1 (MQ=255) cTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAg < 1:381297/150‑1 (MQ=255) 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agaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCCGCGCCCCCGTCGAACCCTACAGCGAAAAACCCGTCAGGAAAATGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCAt > 2:746264/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCGCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGGCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTAAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATcc > 2:2238641/1‑150 (MQ=255) tCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCa < 2:759353/150‑1 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCa > 2:3820273/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCACTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAAACCTACTGCGAATAAACCTTCAGGAAATTTCCGATCCGGCCAATTGCCGCGTCCAGGTAATCCAc > 1:437100/1‑150 (MQ=255) gAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCGCCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACAGCGAATAACCCATCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAAAAGCCGCTTCCAGGTCATCCAc > 2:3372818/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc > 2:3624012/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc > 1:3339704/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTCACAGGCA‑CCACACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATc > 1:1235876/1‑150 (MQ=37) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc > 2:647448/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACAGCGAATAACCCTTCAGGAAAATGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGGCATACACCcg > 2:1941560/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCCCCACCCCCGCGTCGAAACGCTCGTATCCCCCGGCGCCCCCGTCGTACCCAACTGCGAATAACCCTTAAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTTCCGCTTCCAGGTCATACACCcg > 1:507847/1‑150 (MQ=255) cgccgcGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCcgc < 2:3638465/150‑1 (MQ=255) gccgcGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCcgcg > 2:1101860/1‑150 (MQ=255) cgcgcgGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGACTAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGc > 2:3108261/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCaa < 2:3749287/150‑1 (MQ=255) gcgggcggCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAg < 1:3963022/150‑1 (MQ=255) | AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCG‑CCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2097005‑2097303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |