| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,097,157 | G→C | 8.9% | intergenic (‑243/+74) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,097,157 | 0 | G | C | 8.9% | 477.6 / 30.3 | 146 | intergenic (‑243/+74) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/61); new base C (7/6); total (79/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑‑‑‑‑GCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2097008‑2097303 | gtgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg < 1:2029334/150‑1 (MQ=255) tACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggcgg > 1:3638465/1‑150 (MQ=255) tACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggcgg > 2:189792/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |