Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 2,284,702 | T→G | 10.2% | intergenic (‑129/+100) | PP_2010 ← / ← PP_2011 | cytochrome b561/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 2,284,702 | 0 | T | G | 10.2% | 312.7 / 18.0 | 107 | intergenic (‑129/+100) | PP_2010/PP_2011 | cytochrome b561/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/85); new base G (2/10); total (12/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GGTGGGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCAGATAGGGCCAGTCATCACCCACCAGAAACACCCGTT > NC_002947/2284553‑2284851 | ggtggGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCt < 2:4030041/150‑1 (MQ=255) gggggggggATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTgg < 1:4365386/149‑1 (MQ=255) ggggggATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCAc < 1:98352/150‑1 (MQ=255) 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cTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg > 2:1477597/1‑150 (MQ=255) tACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGc < 2:2439921/150‑1 (MQ=255) ccGGAAACAGAAATTTGCGCCCGGTCTGTGAAAAAGGGGTCGCCAGCCCCCGGCCTCTGCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGTCCACCTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCTGTTGGAGGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCg < 1:3133399/150‑1 (MQ=255) gcCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGGCTTCCAAGACTGTGCAGt < 1:3775094/96‑1 (MQ=18) gcCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGGCTTCCAAGACTGTGCAGt > 2:3775094/1‑96 (MQ=18) tgtgAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCACGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCa < 1:1810362/150‑1 (MQ=255) 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tGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCAGATAGGGCCAGTCATCACCCACCAGAAACACCCGtt < 1:3566627/150‑1 (MQ=255) | GGTGGGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCAGATAGGGCCAGTCATCACCCACCAGAAACACCCGTT > NC_002947/2284553‑2284851 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |