Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,297,794 | T→G | 6.4% | intergenic (+75/+58) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,297,794 | 0 | T | G | 6.4% | 455.2 / 2.9 | 160 | intergenic (+75/+58) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/77); new base G (2/12); total (71/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACC > NC_002947/2297646‑2297940 | acaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTG > 2:1262267‑M1/1‑150 (MQ=255) cTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG > 2:104835‑M1/1‑150 (MQ=255) ccGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTccc > 1:3052977‑M1/1‑147 (MQ=255) ccGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcg > 2:850466/1‑150 (MQ=255) ccGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcg < 1:747632/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCgaagc < 1:1310879‑M1/150‑6 (MQ=255) gAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcgcg < 2:3025682/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcgcg < 2:2560926/150‑1 (MQ=255) 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CCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagccag < 2:1095474‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagccag < 2:4240218‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGACCCCTGTGCCGCCCGATGTTTAATCCGCGGCCCATGATTGCCGTGAACAGCGCCGAAGCCCCCCACCCcgccacccacc < 1:3933813‑M1/150‑3 (MQ=255) GAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAACCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTcc > 1:4426521‑M1/1‑150 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGCTGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCGTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCGCCAGCCAGCTCCGca > 2:24350/1‑150 (MQ=255) acCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGcac > 2:2514873/1‑150 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCACCCAGCTCCGCacac > 1:1413504/1‑150 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCGGCCCCCGCCCCCCCCGCCCCCGGTGCCCCCCCCGGGTTAATCCGCGGCCCCGGATTGCCGTGGACCGCGCCGAACCCCGCCCCCCCCCCCCCCCGcgccgccccc > 1:97379/1‑146 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCACCGCACAcgc > 1:2990671/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgcg < 2:1721654/150‑1 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgcg < 2:1444806/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATaa < 2:4293566/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATaa < 2:133269/150‑1 (MQ=255) ggTGCCATCCACCGGGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgc < 1:1262267/150‑1 (MQ=255) tGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACCCGGACCCATGTGCCGCCCCCGGGTTAATCAGCCGACCCGGATTGCCGTGAACCGCGCCCCAGCCAGCCACCCCGCCACCCAGCGCCGCACCCGCGGCTAAgccg > 2:1268125/1‑150 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCTCCGCACACGCGGAGAAgccgcc > 2:2414814/1‑150 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACCGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCATGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCTCCCCACACGCGGATAAgccgcc > 2:2414737/1‑150 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCCCACCCACACGGACCCATGTGCAGCCCCATGTTTAATCAGCGGACCATGTTTTCCTTGAACAGCTCCGAAGCCCGCCACCCCACCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgccgc > 1:4314480/1‑148 (MQ=255) ccACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCgg > 2:2016502/1‑150 (MQ=255) ccACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCGTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCgg > 2:2910606/1‑150 (MQ=255) cACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGc < 2:2794346/150‑1 (MQ=255) ccGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGa < 2:2990671/150‑1 (MQ=255) ccGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGa < 2:2990600/150‑1 (MQ=255) gcgGGGCCCGCTGCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAc < 1:2438873/150‑1 (MQ=255) cgGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCACTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAcc > 1:2297946/1‑150 (MQ=255) cgGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAACAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCACTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAcc > 1:42528/1‑150 (MQ=255) | ACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACC > NC_002947/2297646‑2297940 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |