Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,485,365 | T→A | 6.0% | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I → | glutamate‑putrescine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,485,365 | 0 | T | A | 6.0% | 776.0 / 28.5 | 232 | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I | glutamate‑putrescine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/90); new base A (2/12); total (129/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGGCATTC > NC_002947/2485217‑2485514 | cgcTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTg < 1:3429166/150‑1 (MQ=255) cgcTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTg < 2:36941/150‑1 (MQ=255) tACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTg > 2:1237531/1‑150 (MQ=255) 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cTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGgc > 1:1178538/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGgc > 1:1640163/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGgcg > 1:2810385/1‑150 (MQ=255) tCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGgcgc < 2:409874/150‑1 (MQ=255) gACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGtt > 2:2698029/1‑150 (MQ=255) ggCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGttctt > 2:89411/1‑150 (MQ=255) ggCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGttctt < 1:4417183/150‑1 (MQ=255) gCGACCCGGAGGCTGCCCGGCGCCGGGGGCCGGGTACGCTGCAGCCGGTGCGCTGGGACAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCGGGCGCGTGttcttc < 2:1957692/150‑1 (MQ=255) cGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTc > 1:1612943/1‑150 (MQ=255) ggATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCt < 1:4253433/150‑1 (MQ=255) ggATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCt < 1:4061280/150‑1 (MQ=255) ggATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCt > 1:2047137/1‑150 (MQ=255) tgctgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGc < 1:4123636/150‑1 (MQ=255) gtacccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCa > 2:4479311/4‑150 (MQ=255) tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCaa > 1:2063378/1‑150 (MQ=255) 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CGCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGGCATTC > NC_002947/2485217‑2485514 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |