Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,542,775 | G→C | 9.2% | intergenic (+23/+26) | PP_2232 → / ← PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,542,775 | 0 | G | C | 9.2% | 573.4 / 38.9 | 174 | intergenic (+23/+26) | PP_2232/PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/76); new base C (5/11); total (87/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATCATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAGGG > NC_002947/2542626‑2542922 | gATCATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGctgctg < 1:4122680/150‑1 (MQ=255) atcatcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCtgt < 1:1011864/150‑1 (MQ=255) atcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCa < 1:3375137/150‑1 (MQ=255) cGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGc < 1:900550/150‑1 (MQ=255) gAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTTTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGTTGGCGTGGTGTCTGTTCGGTTTGTGCGCAATTTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTGGGGGCTGCTGTGCAGcc < 1:2080623/150‑1 (MQ=255) gAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGcc < 2:4230420/150‑1 (MQ=255) agGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTTTGCCTAGCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaa < 2:3402961/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 1:2940001/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 1:3611189/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 2:4136413/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 2:1370811/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACCTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 2:3271934/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAg > 2:2765600/1‑150 (MQ=255) 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tGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCtt < 1:2794082/150‑1 (MQ=255) tGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCtt < 1:3519337/150‑1 (MQ=255) tGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCtt < 1:3519421/150‑1 (MQ=255) gAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTg > 1:2989514/1‑150 (MQ=255) gCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGcc > 2:1814729/1‑150 (MQ=255) cTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCgg > 2:4295414/1‑149 (MQ=255) cTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGt < 1:953242/150‑1 (MQ=255) tGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTc < 2:975010/150‑1 (MQ=255) aGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGaa < 2:3810219/150‑1 (MQ=255) a‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACg > 2:2561513/1‑150 (MQ=255) a‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACg > 1:1207825/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 2:3002913/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGt > 1:1589211/1‑142 (MQ=255) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 1:1705639/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCa > 1:1031347/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCa > 1:2724640/1‑150 (MQ=255) ggggCTGCTGTGCAG‑CCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTg < 2:1655694/150‑1 (MQ=255) gctgctGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGc > 2:3869668/1‑150 (MQ=255) gctgctGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGc < 1:3103251/150‑1 (MQ=255) ctgctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCa < 2:1956908/150‑1 (MQ=255) ctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAggg < 2:3273436/150‑1 (MQ=255) ctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAggg > 2:3138186/1‑150 (MQ=255) | GATCATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGA‑CTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAGGG > NC_002947/2542626‑2542922 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |