| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,679,159 | G→A | 6.6% | R67H (CGT→CAT) ‡ | PP_2347 → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,679,159 | 0 | G | A | 6.6% | 621.0 / 22.9 | 196 | R67H (CGT→CAT) ‡ | PP_2347 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/88); new base A (4/9); total (99/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CGCCGGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTTGCTGC > NC_002947/2679010‑2679308 | cgccgGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCg > 1:305780/1‑150 (MQ=255)cgccgGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCg > 2:2470522/1‑150 (MQ=255) cgGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGc < 1:15949/150‑1 (MQ=255) cgGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGc < 2:2615796/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCCGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGcc < 2:4489804/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGc < 1:3780661/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctg < 1:778659/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGCGGCACGCCActgg < 2:22218/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCGGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctgg < 1:2643692/150‑1 (MQ=255) aGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGCGGCACGCCActgggc < 1:715476/150‑3 (MQ=255) gcgcCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGCGGCACGCCActgggcc < 2:934889/150‑4 (MQ=255) gcCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctgg < 2:126396/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctggc < 1:3912854/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctggc < 2:674947/150‑1 (MQ=255) gTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACTCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCCGCCTGGCTTGCCAGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTg < 1:1218924/150‑1 (MQ=255) gTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTg < 1:2729617/150‑1 (MQ=255) ctggctggCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCt < 2:4021141/150‑1 (MQ=255) tggctggcTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTc > 2:2888496/1‑150 (MQ=255) 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tgCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCa < 1:891637/150‑1 (MQ=255) gccaggccAGCGGCACGCCACTGGGCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTgc < 2:3529221/140‑1 (MQ=255) gccaggccAGCGGCACGCCACTGGGCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTgc > 1:3529168/7‑146 (MQ=255) gCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCAt > 2:400325/1‑150 (MQ=255) caggccAGCGGCACGCCACTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATcc > 2:3623052/5‑150 (MQ=255) ccAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGc > 1:735441/1‑150 (MQ=255) gTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGtt < 2:2813529/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGtt < 2:858887/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGtt > 1:4049838/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTtgctgc > 2:1885166/1‑150 (MQ=255) | CGCCGGCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTTGCTGC > NC_002947/2679010‑2679308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |