| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,679,164 | G→A | 6.5% | A69T (GCT→ACT) | PP_2347 → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,679,164 | 0 | G | A | 6.5% | 634.8 / 22.8 | 200 | A69T (GCT→ACT) | PP_2347 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/90); new base A (4/9); total (101/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTTGCTGCGCCGC > NC_002947/2679015‑2679313 | gCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCg > 2:434215/1‑150 (MQ=255)gCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCg > 2:891637/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGc < 1:3780661/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGCCAGGGCTTTGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctg < 1:778779/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctg > 2:2265381/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGCGGCACGCCActgg < 1:3054108/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCGGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctgg < 1:2643692/150‑1 (MQ=255) aGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGCGGCACGCCActgggc < 1:715477/150‑3 (MQ=255) ccAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctggc < 2:3786511/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctggc < 1:3912899/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGctggcctggc < 2:674947/150‑1 (MQ=255) gTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACTCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCCGCCTGGCTTGCCAGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTg < 1:1218924/150‑1 (MQ=255) gTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTg < 1:2729617/150‑1 (MQ=255) tccacggctggctGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGAt > 1:4006533/6‑150 (MQ=255) gACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATc < 2:1263925/150‑1 (MQ=255) tggctggcTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTc > 2:2888496/1‑150 (MQ=255) tggctggcTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTc > 2:4231713/1‑150 (MQ=255) ggctggctGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCa < 2:611826/150‑1 (MQ=255) ctggctgATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCAcc > 1:701124/1‑150 (MQ=255) ggctgATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCAccgc < 1:4414275/150‑1 (MQ=255) ggctgATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCCGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCAccgc < 1:4376352/150‑1 (MQ=255) tgATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCAccgcccg > 2:3298494/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCgg > 1:2239519/1‑150 (MQ=255) 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aCGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTggg < 2:3597604/150‑1 (MQ=255) cgcgGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGc > 1:3737863/1‑150 (MQ=255) cgGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCg > 1:312366/1‑150 (MQ=255) ggTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGa < 1:1894851/150‑1 (MQ=255) ggTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGa > 1:4449806/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTTGCTgcgccg < 1:1991835/150‑1 (MQ=255) | GCCTGCAGCGCCAGGGCTATGCCGTGGACTGGCTGGCTGATGGCCGTGACGCGGTTTACCAGGGGCAAAGCGAGCCTTACGACCTGATCATCCTGGACCTCGGCCTGCCTGGCTTGCCCGGCCTGGATGTGCTGGCCCAGTGGCGTGCCGCTGGCCTGGCCACACCGGTATTGATCCTCACCGCCCGCGGCTCCTGGGCCGAGCGCATCGAAGGGCTGAAGGCCGGGGCTGACGATTACCTGAGCAAACCCTTCCACCCCGAAGAGCTGCAACTGCGCATCCAGGCGTTGCTGCGCCGC > NC_002947/2679015‑2679313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |