| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,795,721 | C→A | 10.4% | intergenic (+65/+62) | PP_2445 → / ← PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,795,721 | 0 | C | A | 10.4% | 424.6 / 29.0 | 141 | intergenic (+65/+62) | PP_2445/PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/51); new base A (13/2); total (88/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GCCATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCCG > NC_002947/2795573‑2795869 | gCCATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGATTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACt < 2:3123307/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCTAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGATGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACACGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc > 1:3800551/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAACAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc < 1:279546/150‑1 (MQ=255) ttCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgcg > 1:3348301/1‑150 (MQ=255) ctcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 2:265986/150‑1 (MQ=255) ctcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 1:756054/150‑1 (MQ=255) ctcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 1:947318/150‑1 (MQ=255) ctcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 2:3899413/150‑1 (MQ=255) ctagACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTTAACAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGAGTTGCACTTGCAACGCGaa < 2:370373/147‑1 (MQ=255) cGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATa < 2:2683686/150‑1 (MQ=38) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATAc > 1:2841873/1‑150 (MQ=255) cGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGATGCGTGATGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCACTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTTTTCTCGTGGAACTGGCAACGCGAATACCt < 1:1818333/150‑1 (MQ=255) cGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCt < 2:681755/150‑1 (MQ=255) 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aTTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGgtgt > 1:4495990/1‑150 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGtgtg > 2:181178/1‑150 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGtgtg > 1:1182303/1‑150 (MQ=255) tCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGc < 2:2150280/150‑1 (MQ=255) tCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGc < 1:1940424/150‑1 (MQ=255) 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aCTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGAcgccg > 2:3111414/1‑150 (MQ=255) | GCCATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCCG > NC_002947/2795573‑2795869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |