| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,875,724 | A→C | 6.6% | intergenic (+65/+17) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,875,724 | 0 | A | C | 6.6% | 443.0 / 10.2 | 156 | intergenic (+65/+17) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (97/45); new base C (2/11); total (99/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCC > NC_002947/2875575‑2875871 | gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca > 1:2593608/1‑150 (MQ=255)gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca > 2:2623932/1‑150 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca > 2:543980/1‑150 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCa < 1:1574364/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCa > 2:3871321/1‑150 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGCGCAGCCCatc < 1:2307675/150‑3 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAAc > 1:639535/1‑150 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCGATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCGCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGCTGGGCTGCGCAGCAGcccgcc > 1:1068062/1‑147 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 1:2044725/150‑3 (MQ=255) aGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATc > 1:213453/1‑150 (MQ=255) aGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATc > 1:2317929/1‑150 (MQ=255) cTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACg > 1:369065/1‑150 (MQ=255) tcccggTCGCCACGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCCGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGc > 1:2837089/5‑150 (MQ=255) tcccggTCGCCACGGCGACCAGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGc > 2:921121/5‑150 (MQ=255) tcccggTCGCCACGGCGACCAGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGc > 2:921172/5‑150 (MQ=255) tCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGcc > 2:1771491/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGt > 2:1762523/1‑150 (MQ=255) gTGGCGACCGGGTTCATCTTTGAGGTGTTGACCGGGGCATT‑GGACTACGGCCGCCGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGGGTGCCTGGGATGGGGTGCGCAGCTGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACcgc < 2:2955418/150‑1 (MQ=255) 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tATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAg > 2:1863797/1‑150 (MQ=255) tATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAg > 2:1202036/1‑150 (MQ=255) tATGAGGTGATGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAg > 2:142756/1‑150 (MQ=255) ttGAGGTGTGGACCGGGGCTTT‑CGAATATGGCCGCCGGTGCGCGCTGTCCGCGCGGTCCCTGCTGGCGGTGGCGTGCCTGCGTGGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGc < 1:3357385/149‑1 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGca > 1:3308337/1‑150 (MQ=255) 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ggctggCGCGGGGGTGCCTGGTTGGGGCGGCGCAGCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCagcagc < 1:1607559/146‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGcc > 2:2987755/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGAGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCt > 1:440469/1‑150 (MQ=255) ggggtGGCGTGCCTGGGTTGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGc < 1:2599484/146‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGGGCCCGCGATGGGCGGCGCAGCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGc < 1:2494714/150‑1 (MQ=255) caggcacgCCAGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCaa > 2:3516311/8‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 2:2193428/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 2:2193346/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 2:1743311/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCTGCGTTGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATAc < 1:1473992/150‑1 (MQ=255) 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tGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAg > 1:1176769/1‑150 (MQ=255) gATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAAc < 2:3832765/150‑1 (MQ=255) gATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAAc > 1:2747604/1‑150 (MQ=255) ttGGGCTGCTGCGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACg > 1:1013414/2‑150 (MQ=255) gCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCact > 1:989840/1‑148 (MQ=255) 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cgcAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAcc < 1:4035960/150‑1 (MQ=255) cgcAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAcc > 2:3279981/1‑150 (MQ=255) | GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATT‑CGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCC > NC_002947/2875575‑2875871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |