Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,948,552 | G→C | 5.9% | P312R (CCG→CGG) ‡ | yijP ← | phosphoethanolamine transferase CptA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,948,552 | 0 | G | C | 5.9% | 579.7 / 19.4 | 170 | P312R (CCG→CGG) ‡ | yijP | phosphoethanolamine transferase CptA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/64); new base C (5/5); total (101/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTG > NC_002947/2948403‑2948701 | aTTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACgg < 2:4442799/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACggg > 2:2203054/1‑150 (MQ=255) cTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTc > 1:3180195/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCt > 1:2119070/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:3605490/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:2948274/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:2408391/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:246440/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACCCGTCGCTGat < 2:2703824/150‑2 (MQ=255) gcTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGa > 1:4295645/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa > 1:1307132/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa < 2:467958/150‑1 (MQ=255) gttgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACg < 2:2250977/150‑1 (MQ=255) gttgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACg > 1:3388985/1‑150 (MQ=255) ggtgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCGGAGGAAACg > 1:797696/3‑150 (MQ=255) tCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCg > 2:1350133/1‑150 (MQ=255) aGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCggg > 1:1448547/1‑150 (MQ=255) aGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCggg > 1:2989310/1‑150 (MQ=255) 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gTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGcc > 1:4170423/1‑150 (MQ=255) tCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCg > 2:1376424/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGaa > 2:1907152/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGaa > 1:645224/1‑150 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGGTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGa < 2:3073727/150‑1 (MQ=255) 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gtggtgAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCtgctgc < 1:4101180/150‑1 (MQ=255) gAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCAc > 2:4265572/1‑150 (MQ=255) aGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACt < 1:4517419/150‑1 (MQ=255) gCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACtt < 1:2839552/150‑1 (MQ=255) cATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTc > 1:3487048/1‑150 (MQ=255) 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aaGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAATGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGATGATCAGCGACGGGTCTCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGACGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGTCgcggc > 1:3733868/1‑150 (MQ=255) ggTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGa < 1:1517582/150‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGa > 2:157015/1‑150 (MQ=255) tgctgGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATAcc > 2:3522427/1‑150 (MQ=255) ttgttggtGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACg > 2:2697631/3‑150 (MQ=255) gttggtGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACgac > 2:713497/1‑148 (MQ=255) gtGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCgg < 2:27984/150‑1 (MQ=255) gtGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCgg < 1:3302696/150‑1 (MQ=255) gtGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCgg > 2:2136205/1‑150 (MQ=255) gATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGaa > 2:1184166/1‑150 (MQ=255) 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gcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCAGTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgcg > 1:1430233/1‑150 (MQ=255) cagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgcgc > 2:2896105/1‑150 (MQ=255) cagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgcgc > 1:2228284/1‑150 (MQ=255) agGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGcgcg > 1:2866682/1‑150 (MQ=255) tttcctCAGCGACCCGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATCCCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCGTGTCGCTGGCGGCCAGCGGGtg > 1:1696825/6‑149 (MQ=255) 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gggTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCgtg < 1:3302488/150‑1 (MQ=255) | CATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTG > NC_002947/2948403‑2948701 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |