| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,948,553 | G→C | 5.9% | P312A (CCG→GCG) ‡ | yijP ← | phosphoethanolamine transferase CptA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,948,553 | 0 | G | C | 5.9% | 581.1 / 20.4 | 170 | P312A (CCG→GCG) ‡ | yijP | phosphoethanolamine transferase CptA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/64); new base C (5/5); total (101/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
ATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTGG > NC_002947/2948404‑2948702 | aTTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACgg < 2:4442799/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACggg > 2:2203054/1‑150 (MQ=255) cTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTc > 1:3180195/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCt > 1:2119070/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:2948534/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:246440/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:2408391/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGa < 1:3605490/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACCCGTCGCTGa < 1:2922574/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACCCGTCGCTGat < 2:2703824/150‑2 (MQ=255) gcTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGa > 1:4295645/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa < 2:467958/150‑1 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa > 2:2894490/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa > 1:3064987/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa > 1:1307132/1‑150 (MQ=255) gttgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACg > 1:3388985/1‑150 (MQ=255) ggtgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCGGAGGAAACg > 1:797696/3‑150 (MQ=255) ttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTcc < 2:156044/150‑1 (MQ=255) tCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCg > 2:1350133/1‑150 (MQ=255) aGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCggg > 1:1448547/1‑150 (MQ=255) ggTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGt > 1:3012625/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCt > 2:4508082/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCt > 2:2693736/1‑150 (MQ=255) 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tCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCg > 2:1376424/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGa < 1:3541179/150‑1 (MQ=255) tGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGaa > 2:1907152/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGaa > 1:645689/1‑150 (MQ=255) tgctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTg > 1:4154719/1‑150 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGa < 1:2866492/150‑1 (MQ=255) gagaAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATc > 2:3158505/1‑150 (MQ=255) gaAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATctg > 1:2144916/1‑150 (MQ=255) aGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATctgct < 2:2310172/150‑1 (MQ=255) gAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCAc > 2:4265572/1‑150 (MQ=255) 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tttCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTggcggc > 2:2282423/1‑150 (MQ=255) ttCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGACGCTGGCGccc > 1:2830598/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGTATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCa < 1:2684882/150‑1 (MQ=255) agcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgc > 2:2003595/1‑150 (MQ=255) gcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCAGTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgcg > 1:1430233/1‑150 (MQ=255) 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tcctCAGCGACCCGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGa > 2:2722804/4‑150 (MQ=255) gATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAg < 2:3180195/150‑1 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 2:4300230/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:1438810/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 2:2031839/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCAGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:4440621/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACCCGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 2:1297481/1‑150 (MQ=255) aGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTg > 2:2997751/1‑150 (MQ=255) aGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTg < 1:733398/150‑1 (MQ=255) gggTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCgtg < 1:3302488/150‑1 (MQ=255) gggTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCgtg > 1:4248727/1‑150 (MQ=255) gggTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCgtg > 1:855441/1‑150 (MQ=255) | ATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTGG > NC_002947/2948404‑2948702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |