| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,059,763 | A→T | 5.1% | Y258* (TAT→TAA) ‡ | PP_5538 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,059,763 | 0 | A | T | 5.1% | 620.2 / 15.6 | 178 | Y258* (TAT→TAA) ‡ | PP_5538 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/89); new base T (2/7); total (82/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
ACAGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCACCGCGTTCGTCGGCCACCAGTACCACGTCGTACTCGGCAGTCTGGGTGAACAGCGGCATGTCGGCCTGGGCGCTGCGGCGCTGGTCGTTGTCGAAGGTCCAGGTTTTTTCCG > NC_002947/3059614‑3059911 | acaGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGa < 2:1635560/150‑1 (MQ=255) caGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCAGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGAt < 2:1108572/150‑1 (MQ=255) aGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATa < 2:521183/150‑1 (MQ=255) ccATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATAcc > 1:129315/1‑150 (MQ=255) ccATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATAcc > 1:443819/1‑150 (MQ=255) cATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCa > 1:1805299/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCt < 1:2128070/150‑1 (MQ=255) ggcggcGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCTg < 1:3908902/150‑1 (MQ=255) ggcggcGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTCTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCTg < 1:4139444/150‑1 (MQ=255) ggcgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTa < 2:3181799/150‑1 (MQ=255) cgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAgg < 2:2064750/150‑1 (MQ=255) cgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCAGACGTGGTATCCACGTCCGGtggc < 1:653805/150‑4 (MQ=255) cgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCC‑‑ACCAGACGTGGTATCCACGTCCGGtggc < 2:3457660/150‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |