| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,278,278 | T→C | 5.2% | intergenic (+15/+32) | PP_2874 → / ← PP_2875 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,278,278 | 0 | T | C | 5.2% | 639.4 / 14.6 | 193 | intergenic (+15/+32) | PP_2874/PP_2875 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/86); new base C (6/4); total (103/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CTGGAAGAGTATTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCC > NC_002947/3278129‑3278426 | tGGAAGAGTATTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATg < 2:4016101/150‑1 (MQ=255) tGGAAGAGTATTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATg > 1:1687241/1‑150 (MQ=255) ggAAGAGTATTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGc < 2:1029919/150‑1 (MQ=255) 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tATTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCgg > 1:1809440/1‑150 (MQ=255) aTTACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCggg < 2:10318/150‑1 (MQ=255) ttACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTGCATAGGCCGGGc < 1:2018177/150‑1 (MQ=255) ttACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGc > 1:235055/1‑150 (MQ=255) ttACCCCGCGCTGCCGGGCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGc > 1:2492521/1‑150 (MQ=255) 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cAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAg < 2:497563/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTcggcg > 2:3912266/1‑150 (MQ=255) cagaGCCCGGCCTGCATAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTcggcgg > 1:2068816/4‑150 (MQ=255) agaGCCCGGCCTGCATAGGCCGGGCTTTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTcggcggc > 2:4089629/3‑150 (MQ=255) agaGCCCGGCCTGCATAGGCCGGGCTTTGGTAAGGGTGCGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTcggcggc > 2:2213769/3‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |