| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,822 | A→C | 24.7% | intergenic (‑69/+60) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,822 | 0 | A | C | 24.7% | 297.4 / 107.7 | 154 | intergenic (‑69/+60) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/55); new base C (19/19); total (78/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAA > NC_002947/337673‑337968 | ctgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTc < 2:4476716/150‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTc < 2:2209343/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCa < 1:4340181/150‑1 (MQ=255) gctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCaa < 1:815026/150‑1 (MQ=255) ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑g < 2:988117/150‑1 (MQ=255) ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑g < 1:2616100/150‑1 (MQ=255) ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑g < 2:1802834/150‑1 (MQ=255) ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑g < 2:3188615/150‑1 (MQ=255) tGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTg > 2:2954115/1‑150 (MQ=255) gCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTgg < 1:3918299/150‑1 (MQ=255) cTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGACCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGgc < 2:2536146/150‑1 (MQ=255) tCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGgcg < 2:1731455/150‑1 (MQ=255) gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCCCAACCACACGTAAAAAGCC‑ACAATAAA‑AGtttgggcg > 1:2008951/1‑144 (MQ=255) gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTGTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTATAGCGCC‑CCCTTCAA‑GGTTGgcgcg > 1:703896/1‑149 (MQ=255) aTCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTa < 2:3683279/150‑1 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTacac < 1:4028243/150‑1 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTacac < 2:4139459/150‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCt < 1:4470792/150‑1 (MQ=25) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCt < 2:1579100/150‑1 (MQ=25) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCt < 1:3551732/150‑1 (MQ=25) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCt < 1:2962649/150‑1 (MQ=25) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCt < 1:1894008/150‑1 (MQ=25) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCt < 2:3650037/150‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCt < 1:4433315/150‑1 (MQ=255) aaCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCtg < 1:2433206/150‑1 (MQ=25) acgggTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGCTGTGTGGTGGTTGTGAGGGCCTCGTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGGTGGCGCTACACCtgt < 2:4051925/147‑1 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCtgt < 1:1954278/150‑1 (MQ=25) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCtgt > 1:1692252/1‑150 (MQ=25) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCtgt < 1:4482126/150‑1 (MQ=25) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgt < 2:1851231/150‑1 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgt < 2:420309/150‑1 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgt < 2:3103048/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCtgtg < 2:1692252/150‑1 (MQ=25) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgtg < 2:796690/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgtg < 2:743825/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCtgtg < 1:1583682/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGTCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:1212742/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGTCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:1214104/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTgg < 2:4391723/150‑1 (MQ=25) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:3814139/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:4039478/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTgg < 2:2777614/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCGGTgg > 2:3298916/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGa > 2:4014694/1‑150 (MQ=255) cGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCACGTAAATCGCC‑ACAGACAA‑GGTTTGGGCGACACCAGGGGGGGc > 1:3542722/1‑150 (MQ=255) gAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTac < 1:2494877/137‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCgg < 2:1414368/150‑1 (MQ=21) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCgg < 1:275288/150‑1 (MQ=255) ggCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGc < 1:3635178/150‑1 (MQ=21) gAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCAGTGGGAGCGGGCGTGccc > 2:2836902/1‑150 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTTGCGCAACACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCCAAGcagtc > 2:3269955/1‑150 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtc > 2:3270083/1‑150 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGCC‑ACAAACAA‑GGTTGGCGCAAAACCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCCAAGcagtc > 1:4125006/1‑150 (MQ=38) gTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCCCGCCCCCCAGTAAATCGCC‑ACAATAAATGGTTGGC‑CTAACCCAATGGGGCCCGGGCTGCCCGCGAAGcaagcagag > 1:617880/1‑143 (MQ=255) tGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACAATCAA‑GGTTGGCGCTACACCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGa > 2:2151519/1‑150 (MQ=255) ggggggCTGTGGTGGTGGTTGGGCTGGGCTAGGTTGTGTGGTGGTTTTGCGGGCCTCTTCGGGGGCACGCCCGCGCCCACTGGTTTTGCGCC‑ACATTCAT‑GGTTGGCGCTACACGGGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTgg < 2:3159242/149‑2 (MQ=255) ggCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCCCGGATAGCCCC‑CCAATCAA‑GGGTGGCGCGACACCCGGGGGAGCGGGCCGGCCCCCGCACCCGGCAGGGAgggg > 1:2905223/1‑148 (MQ=255) gttgggggtGGGGCTGGGCACGGAGGTGTGGTGGTTTGGCGGGCCTGTGGGGGGGCCCGCCCGCTCCCACCGGTATCGCGCC‑ACATTCAC‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCg < 2:2743428/144‑1 (MQ=255) cATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCAGGTAAAGCGCC‑ACAATCAA‑CGTTTGCGCTAAAACAGGGGGCGCGGGCGTTCCCGCGAAGCACTCAGTGTGGTCGCAGCCGCCGTggcaggca > 2:1933438/1‑150 (MQ=255) aTGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTATAGCGCC‑ACATTAAA‑CGTTGGCGCTACACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCCCGCAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCGTGGCAGGGAt > 2:4211283/1‑150 (MQ=38) gtgtgGTGGTGTTGCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTATCGCGCG‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc < 2:4076891/150‑1 (MQ=38) tctGCGGGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTACCGCGCA‑ACATTCAC‑GGTTGGCGCTACACCGGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 2:2008951/150‑1 (MQ=38) aCGCCCGCTCCCCCTGGTATCGCGCC‑ACATTCAG‑GGTGGGCGCTCCCCCTGGGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTGGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:1190907/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACTGGTAGAGCGCA‑ACTTTCAC‑GGTTGGCGCTAACCGTGTGGTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc < 2:1659643/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTACACCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCCGTGAGGTCTCAGCGGCCTTTGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCGCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa > 1:1028270/1‑150 (MQ=21) gCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa > 1:4237059/1‑150 (MQ=255) acccACTGTTTTAGCGCC‑AATTTATC‑GGTGGGCGCTACACGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 1:2914891/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCa < 2:1570807/111‑1 (MQ=17) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCa > 1:1570807/1‑111 (MQ=17) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 1:950331/1‑150 (MQ=25) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 1:950294/1‑150 (MQ=25) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 2:3008340/150‑1 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 2:2465301/1‑150 (MQ=255) cacaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 1:378598/1‑150 (MQ=25) cacaGGTATAGCGCC‑ACATTCAC‑GGTTGGCGCTACCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:2839876/150‑1 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:2820378/1‑150 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:2820589/1‑150 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:4466401/1‑150 (MQ=255) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGATGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:3033997/1‑150 (MQ=25) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGACCgaga > 1:2785409/1‑150 (MQ=25) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:1437346/1‑150 (MQ=25) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 1:2366707/1‑150 (MQ=25) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:2653863/1‑150 (MQ=25) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:1502411/1‑150 (MQ=25) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 1:3058422/1‑150 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:498475/1‑150 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 1:2506428/1‑150 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:3307510/1‑150 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:2748309/1‑150 (MQ=255) caGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGACCGAGAt > 1:4062180/1‑150 (MQ=25) caGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGAt > 1:4062170/1‑150 (MQ=25) aGGTGTAGCGCCAACCTTGAA‑TG‑TGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:899871/148‑1 (MQ=37) ggTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCa > 2:671414/1‑150 (MQ=255) gTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc > 1:1183622/1‑150 (MQ=255) gTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc > 1:1686657/1‑150 (MQ=255) gTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc > 1:1768890/1‑150 (MQ=255) taGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAg > 2:1623751/1‑150 (MQ=255) gcC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAg > 2:3724408/1‑150 (MQ=255) c‑acaTTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa > 2:2491681/1‑150 (MQ=255) c‑acaTTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa > 2:822442/1‑150 (MQ=255) | CAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAA‑GGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAA > NC_002947/337673‑337968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |