Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,661,876 | C→G | 5.0% | intergenic (‑46/+29) | PP_3223 ← / ← PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,661,876 | 0 | C | G | 5.0% | 619.1 / 17.2 | 179 | intergenic (‑46/+29) | PP_3223/PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/84); new base G (4/5); total (90/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACAAT > NC_002947/3661727‑3662024 | aTGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGcc < 2:1200187/150‑1 (MQ=255) tGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCg < 2:2805099/150‑1 (MQ=255) tGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCg < 2:2678257/150‑1 (MQ=255) gTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCgg < 1:699913/150‑1 (MQ=255) ttGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGa < 2:2862386/150‑1 (MQ=255) tGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGaa < 1:992036/150‑1 (MQ=255) aGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACa < 1:3031213/150‑1 (MQ=255) aGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACa < 2:4260122/150‑1 (MQ=255) gggTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAg < 2:3971385/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCaaaa < 1:793504/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGTGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg > 2:1266402/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg < 2:2671107/150‑1 (MQ=255) cTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAgg < 2:146026/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCtt > 2:2196926/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg < 2:830325/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:4280113/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 2:4172721/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 2:4479085/150‑1 (MQ=255) 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ggccggcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGCTCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTcc > 2:2897835/1‑150 (MQ=255) ggccggcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTcc > 1:1176295/1‑150 (MQ=255) gcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTa > 1:3883711/1‑150 (MQ=255) gcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTa > 1:3644986/1‑150 (MQ=255) gcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGACCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTTTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTa > 1:2869448/1‑150 (MQ=255) cAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGa > 2:866657/1‑150 (MQ=255) aaGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAg < 1:1602011/150‑1 (MQ=255) gCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGc > 1:2826861/1‑150 (MQ=255) tGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTc > 1:237885/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGAt > 2:4243823/1‑150 (MQ=255) 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cgAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATc > 1:868692/1‑150 (MQ=255) cgAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATc < 2:1824727/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATcc < 1:177526/150‑1 (MQ=255) aGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATccc > 2:3003308/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATg > 1:3579342/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |