| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,778,360 | 0 | A | C | 15.9% | 230.2 / 8.6 | 114 | intergenic (+77/‑66) | PP_3338/PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/52); new base C (14/6); total (55/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGT > NC_002947/3778211‑3778509 | gCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGcac < 2:647164/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGcacc < 1:336665/150‑1 (MQ=255) gccgccCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACgg < 2:4137192/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |