| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,926,529 | C→T | 5.1% | G84D (GGC→GAC) | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,926,529 | 0 | C | T | 5.1% | 699.1 / 16.8 | 214 | G84D (GGC→GAC) | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/92); new base T (3/8); total (114/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCA > NC_002947/3926380‑3926678 | tCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGc > 2:2792076/1‑150 (MQ=255)tCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGc > 2:1173688/1‑150 (MQ=255) aTCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCg > 2:418294/1‑150 (MQ=255) aTCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCg > 2:2895667/1‑150 (MQ=255) aTCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCg < 2:3701830/150‑1 (MQ=255) aTCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCg > 1:3701830/1‑150 (MQ=255) ttcttGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCg < 1:2879422/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGa < 2:2647106/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGa < 1:137695/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGa < 1:528738/150‑1 (MQ=255) gCCGGCTGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGAc < 1:3261657/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGAc < 2:3460974/150‑1 (MQ=255) cggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGGAACGGGTGTTGACGTTGAGCACCTCGGTGTTGTGCGCGGTGCGCTCGTCTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCGGTCGCTgtgca < 2:1678463/150‑5 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGAcccc < 2:1717130/150‑3 (MQ=255) gcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGc > 2:1681051/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTc > 1:2747864/1‑150 (MQ=255) aGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAg > 2:4056897/1‑150 (MQ=255) gCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAgcg > 2:4143315/1‑150 (MQ=255) gCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAgcg > 1:3952397/1‑150 (MQ=255) ttGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGcgcg < 2:1516227/150‑1 (MQ=255) ttGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGcgcg > 2:4501548/1‑150 (MQ=255) ttGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGcgcg > 2:2040742/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGAt < 1:2598002/150‑1 (MQ=255) 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gACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTg < 2:325072/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGgcg > 1:1946995/1‑150 (MQ=255) ccTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCaa < 1:1609079/150‑1 (MQ=255) ccTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCaa > 2:201546/1‑150 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg < 2:2484542/150‑1 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg < 1:4049889/150‑1 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg < 2:3415885/150‑1 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg < 2:1682910/150‑1 (MQ=255) gAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGgt < 1:2899609/150‑1 (MQ=255) gATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCgat > 2:2249608/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCgat < 2:3952397/150‑1 (MQ=255) tttCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCgatga > 2:2519821/1‑150 (MQ=255) tggagctggTCAGCGACGGCTCGCCGCTGACCCGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCgatga > 1:2784113/8‑150 (MQ=255) tCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGatgatg < 1:2535895/150‑1 (MQ=255) gggTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATgccgc < 1:1681051/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGccgccg < 2:4350207/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCgg < 1:3993473/150‑1 (MQ=255) aGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTc > 1:3379656/1‑150 (MQ=255) aGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTc > 2:218957/1‑150 (MQ=255) gcggcgAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCa > 2:574224/1‑150 (MQ=255) ggcgAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGTCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCAcc < 1:418294/150‑1 (MQ=255) aGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGt < 2:814045/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCACACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTc > 2:4063548/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCa < 2:496202/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCa < 2:2751321/150‑1 (MQ=255) | TCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCA > NC_002947/3926380‑3926678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |