| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,976,357 | T→A | 5.1% | N28Y (AAC→TAC) ‡ | PP_3503 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,976,357 | 0 | T | A | 5.1% | 676.8 / 18.3 | 195 | N28Y (AAC→TAC) ‡ | PP_3503 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/100); new base A (3/7); total (88/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GGCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACAG > NC_002947/3976208‑3976506 | ggCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGtt > 2:82356/1‑150 (MQ=255) gCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTg < 2:2917943/150‑1 (MQ=255) aaTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcg < 2:763242/150‑1 (MQ=255) aTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcgc < 1:4467817/150‑1 (MQ=255) aTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcgc < 2:3080080/150‑1 (MQ=255) tCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCa < 2:4258168/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGct < 1:3074064/150‑2 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCa < 2:1304936/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctg < 1:1939788/150‑3 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctg < 2:3586184/150‑3 (MQ=255) cGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAg < 1:1099756/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAgg > 2:723936/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctggg < 1:3891471/150‑5 (MQ=255) tgtTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctgggat < 1:3575106/150‑7 (MQ=255) ttGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAAc > 1:3135312/1‑150 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:2946241/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:1140507/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 1:916145/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:1563106/150‑1 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 2:1935771/150‑1 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 1:2922241/150‑1 (MQ=255) ttGATCAGGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 2:12574/150‑1 (MQ=255) gATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCa < 1:3481290/150‑1 (MQ=255) tCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAt < 1:503229/150‑1 (MQ=255) tCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAt > 1:2503447/1‑150 (MQ=255) tCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAt > 1:1735262/1‑150 (MQ=255) cATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAtc < 2:1381978/150‑1 (MQ=255) aTGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAtcg > 1:2129541/1‑150 (MQ=255) cTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCa < 2:1710028/150‑1 (MQ=255) ttGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAg > 1:1620534/1‑150 (MQ=255) ttGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAg > 2:2504355/1‑150 (MQ=255) gACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAggg < 2:3529695/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGt > 2:1025167/1‑150 (MQ=255) 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> 2:4428408/1‑130 (MQ=255) tGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCaa < 2:341703/150‑1 (MQ=255) tCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGt > 1:1764849/1‑150 (MQ=255) cacaTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtg > 2:705545/1‑150 (MQ=255) acaTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgt > 1:1343559/1‑150 (MQ=255) acaTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgt > 1:3680504/1‑150 (MQ=255) caccccAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgtg < 1:3689389/147‑1 (MQ=255) caacccAGCCAGCGTTGCCCAGCCCAGCTAACAAGCGGTGGCAAACCTCGCAGGGGTCCACGATAAGCAAACCGCGTTGACCGGCACGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGCAATTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgtg < 2:3186254/147‑1 (MQ=255) caTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgtg < 2:4057571/150‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTgg < 2:3888159/150‑1 (MQ=255) tCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGgc > 2:3700031/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc < 2:2289155/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc < 1:2792798/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 2:1082326/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGACGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATGCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGAAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 2:2494763/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGt > 2:1877091/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAATACATCAAGTTGTGGCGCCCGttt > 2:1430220/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt < 2:1735262/150‑1 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt < 1:2122101/150‑1 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt > 2:1142460/1‑150 (MQ=255) cGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTaa < 1:2436118/150‑1 (MQ=255) | GGCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACAG > NC_002947/3976208‑3976506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |