| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,976,358 | G→A | 5.2% | R27R (CGC→CGT) | PP_3503 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,976,358 | 0 | G | A | 5.2% | 624.0 / 15.1 | 192 | R27R (CGC→CGT) | PP_3503 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/96); new base A (3/7); total (89/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACAGT > NC_002947/3976209‑3976507 | gCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTg < 2:2917943/150‑1 (MQ=255) aaTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcg < 2:763285/150‑1 (MQ=255) aTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcgc < 1:4467817/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGct < 1:3074064/150‑2 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCa < 2:1304936/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctg < 1:1939788/150‑3 (MQ=255) cGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAg < 1:1099756/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAg < 2:384167/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctggg < 1:3891471/150‑5 (MQ=255) gtgtTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGt < 2:3337911/150‑1 (MQ=255) tgtTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctgggat < 1:3575106/150‑7 (MQ=255) ttGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAAc > 1:3135312/1‑150 (MQ=255) gcTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGt < 2:14810/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 1:916145/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:1563106/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:1140507/150‑1 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 2:1935771/150‑1 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 1:2922241/150‑1 (MQ=255) 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cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc < 2:2289155/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc < 1:2792798/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 2:1082326/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGACGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATGCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGAAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 2:2494763/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGt > 2:1877091/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAATACATCAAGTTGTGGCGCCCGttt > 2:1430220/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt < 1:2122101/150‑1 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt < 2:1735262/150‑1 (MQ=255) tGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGttt > 2:1142460/1‑150 (MQ=255) cGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTaa < 1:2436118/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACAGt > 2:3345091/1‑150 (MQ=255) | GCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACAGT > NC_002947/3976209‑3976507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |