| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,000,269 | A→C | 5.2% | E330A (GAG→GCG) | PP_3526 → | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,000,269 | 0 | A | C | 5.2% | 695.4 / 20.0 | 202 | E330A (GAG→GCG) | PP_3526 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/104); new base C (8/3); total (95/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTACATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGACAGGTCG > NC_002947/4000120‑4000417 | ttACCTGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGa < 2:508137/150‑1 (MQ=255)ttACATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGa < 1:1231420/150‑1 (MQ=255) tACATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAg > 1:3847694/1‑150 (MQ=255) tACATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAg < 1:2336306/150‑1 (MQ=255) cATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCa > 2:1013951/1‑150 (MQ=255) aTGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCaa > 1:1410/1‑150 (MQ=255) tGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAAc < 1:2470276/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACg > 2:1086029/1‑150 (MQ=255) 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cccGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGgcg > 2:2414233/1‑135 (MQ=255) cccGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtc < 2:340451/150‑1 (MQ=255) ccagccgTTGCTCGCGCGACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtc > 1:421498/4‑150 (MQ=255) ccagccgTTGCTCGCGCGACGGCGGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtc > 1:750205/4‑150 (MQ=255) gccgTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtcatc > 1:3958779/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |