| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,000,272 | A→G | 5.1% | Q331R (CAA→CGA) | PP_3526 → | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,000,272 | 0 | A | G | 5.1% | 640.7 / 14.6 | 197 | Q331R (CAA→CGA) | PP_3526 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/102); new base G (7/3); total (91/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGACAGGTCGATCT > NC_002947/4000123‑4000421 | cATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCa > 2:1013951/1‑150 (MQ=255) aTGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCaa > 1:1384535/1‑150 (MQ=255) tGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAAc < 1:2470276/150‑1 (MQ=255) 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ggCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTAtt > 2:1222975/1‑150 (MQ=255) ggCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTAtt < 2:399776/150‑1 (MQ=255) gCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTAttt < 2:3556263/150‑1 (MQ=255) cTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTg < 2:2509071/150‑1 (MQ=255) tACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGc < 2:3847694/150‑1 (MQ=255) 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ccagccgTTGCTCGCGCGACGGCGGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtc > 1:750205/4‑150 (MQ=255) cagccgTTGCTCGCGCGACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCATTAGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCCAGCTGGATTTACCGCAAAACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtca > 1:1918634/3‑150 (MQ=255) ccgTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCtcatca < 1:3306558/150‑1 (MQ=255) tCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGAc < 1:1013951/150‑1 (MQ=255) cgcgcgAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGACa < 2:2598453/150‑1 (MQ=255) 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aaCGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGACAGGTCGATCt < 2:2211046/150‑1 (MQ=255) | CATGGAGCTGCGCATCACCAAGAGCCGCCGGCTGCTGCAGTATTCCGACCTGTCGGTGATGGAAGTGGCGGTGGCCTGCGGGTTTGTCTCGGTGTCGCACTTCAGCAAGTGCTATGCGGCGTATTTCGGCTACCCGCCGTCGCGCGAGCAACGGCTGGGCGAGTGACCGAGGCCCTTTGAGCCAGCCCAGGCGCTCGAGCAATCTCAGGTACGAGGCTCGAGCTGGATGTACCGCAACACCGCATCACAGATCATGGCTTTGTGGCGCAGCTTTATTTGCTCATCAGACAGGTCGATCT > NC_002947/4000123‑4000421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |