| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,007,283 | T→A | 5.9% | R242W (AGG→TGG) | PP_3534 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,007,283 | 0 | T | A | 5.9% | 824.0 / 24.4 | 238 | R242W (AGG→TGG) | PP_3534 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (124/100); new base A (10/4); total (134/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAGG > NC_002947/4007135‑4007432 | cgcccgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGACAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTgg > 1:4301023/1‑150 (MQ=255) gcccgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTggg < 1:4063514/150‑1 (MQ=255) cccgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGggc > 1:2403994/1‑150 (MQ=255) cgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCCTAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGggcgg < 1:2185864/150‑1 (MQ=255) cgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGggcgg < 2:1883218/150‑1 (MQ=255) gccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCAGggcggc < 1:1657498/150‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGgcag > 2:413649/1‑150 (MQ=255) tcAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCAGggcggccacc < 2:3877598/149‑5 (MQ=255) gCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGgcagca < 2:1145805/150‑1 (MQ=255) aaCTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAg < 2:1301550/150‑1 (MQ=255) aaCTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAg < 1:1757835/150‑1 (MQ=255) tGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTg > 2:3658861/1‑150 (MQ=255) gCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGa > 1:3061786/1‑150 (MQ=255) gTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATa < 2:3985867/150‑1 (MQ=255) gTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATa > 2:1401563/1‑150 (MQ=255) tcatcaCCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATAc > 2:4378003/1‑150 (MQ=255) atcaCCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATAccc < 1:2836734/150‑1 (MQ=255) atcaCCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATAccc > 2:4089891/1‑150 (MQ=255) 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ccATCACATCCGCCGTCGGCAGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCt < 1:2024773/150‑1 (MQ=255) tCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGa > 1:1945983/1‑150 (MQ=255) cacaTCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGAt < 2:1485566/150‑1 (MQ=255) acaTCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATg < 2:1753532/150‑1 (MQ=255) cgccgTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACt > 1:1079600/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCTTGCCTTCTGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTa < 2:1439719/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTa < 2:4440901/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTaga > 1:3695259/1‑150 (MQ=255) ccGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTaga < 2:3139687/150‑1 (MQ=255) tGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTg < 1:1012866/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCgg < 2:1713511/150‑1 (MQ=255) gtgCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTa < 2:1119378/150‑1 (MQ=255) gtgCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTa < 1:2625708/150‑1 (MQ=255) tgCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTAc < 2:4349621/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAgg > 2:3350879/1‑150 (MQ=255) cGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGc < 2:2460929/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGcc > 2:1552509/1‑150 (MQ=255) ggTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCcgcg < 1:858509/150‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTAGCGGTACAGGCcgcg < 1:2534495/150‑1 (MQ=255) gTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGt < 2:3569755/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTg < 2:2954465/150‑1 (MQ=255) ctgccgccCAGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTg > 1:2351607/3‑150 (MQ=255) tgccgccCAGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTgg > 1:1522426/2‑150 (MQ=255) tgccgccCAGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCAAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGATGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTgg > 1:2872276/2‑150 (MQ=255) ccgccCAGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCg > 2:2198622/1‑150 (MQ=255) gccCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGa > 1:1995641/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGaa > 2:3227092/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGaa > 2:464186/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAg < 1:2225450/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAg > 1:486522/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAg < 2:1226975/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAgg > 2:883360/1‑150 (MQ=255) | CCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTGGGCGGCAGCAAGCTGATACCCATGCCATCGGCGACCGCAGCCTGGATGCCACTGAGGCTAGAGCTGGTAAAGCTGATGCGCCAGCGCCGGCCCATGCCTTCGATGGCGTTGATCATGTCCTCGCGGTACAGGCCGCGTGGCGGAAAGG > NC_002947/4007135‑4007432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |