Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,067,967 | A→C | 5.6% | R1021R (CGT→CGG) | mdtC ← | multidrug transporter membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,067,967 | 0 | A | C | 5.6% | 618.9 / 15.6 | 190 | R1021R (CGT→CGG) | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/95); new base C (4/8); total (87/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ACAGGCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTCAGCAGCAA > NC_002947/4067818‑4068116 | aCAGGCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCaa < 2:2866079/150‑1 (MQ=255) cAGGCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAAc < 1:1008625/150‑1 (MQ=255) cAGGCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAAc < 1:1008605/150‑1 (MQ=255) ggCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACgg < 1:4064617/150‑1 (MQ=255) gCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGt > 2:994912/1‑150 (MQ=255) gCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGt < 2:1597850/150‑1 (MQ=255) cACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTTAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGtt < 1:3798436/150‑1 (MQ=255) cACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGtt < 1:2865980/150‑1 (MQ=255) cACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGtt > 1:2490789/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAAc > 2:2076848/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCTGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACg < 1:1232946/150‑1 (MQ=255) aaGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGt < 1:2826191/150‑1 (MQ=255) aGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCT‑GCGCCACCGTTTCAACCGTTg < 1:300208/150‑1 (MQ=255) ggCCACGCACAACCCGGCACCGTGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTGGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATTGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTGGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTgg < 1:3279582/150‑1 (MQ=255) ggCCACGCACAACCCGGCACCGAGCTGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGCGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCACCGTTTCAACCGTTgg < 2:1992671/150‑1 (MQ=255) gCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGTGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGgc < 1:3584361/150‑1 (MQ=255) gCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGgc < 1:2826907/150‑1 (MQ=255) ccACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCCGGGCACGGTGACGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGGGGGGTTTCCAGAGCGGCGTGGGTACGCACGCC‑GCGCCACCGTTTCAACCGTTGgcg < 2:3200551/150‑1 (MQ=255) 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gctgattCCAGAGCGGAGTCGGTACGCACGAC‑GCGACAACGGATTAAACGCTTGCGAAGGCGGTCCAGTTACAGGAAAACCACCGGCGTCCTATAAAGGCTGAGGATCTGTCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGTCCCAGCTGc > 2:4191215/6‑150 (MQ=255) ggTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTg > 1:231505/1‑150 (MQ=255) gTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGa < 2:4019910/150‑1 (MQ=255) tttCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTACACCACCGGCGTCGTATAACGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGAc < 1:2777300/150‑1 (MQ=255) tttCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGAc < 1:2311381/150‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACg < 2:1567574/150‑1 (MQ=255) cgttggcgcggcgTGCGTACCGACGCC‑GCTCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACg > 1:2187208/8‑150 (MQ=255) tCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGc > 1:403980/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCa > 1:2294535/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCa > 2:1815759/1‑150 (MQ=255) cAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCAt > 1:252416/1‑150 (MQ=255) gcggcgTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCt < 1:1103671/150‑1 (MQ=255) ggcgTCGGGACGCCCGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTgc < 2:435186/150‑1 (MQ=255) acgcacgcC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGc > 1:1781624/1‑150 (MQ=255) acgcacgcC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGc > 1:1140113/1‑150 (MQ=255) gcacgcC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCt > 2:424392/1‑150 (MQ=255) acgcC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTgg < 2:2490789/150‑1 (MQ=255) gcctgcgcCACCGTTTCAACCGTTGGCGC‑GGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCt > 2:604771/5‑150 (MQ=255) gcc‑gcGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCt > 2:1138303/1‑150 (MQ=255) cctgcgcCACCGTTTCAACCGTTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCt > 2:3273053/4‑150 (MQ=255) cc‑gcGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGccc > 2:3864201/1‑148 (MQ=255) cc‑gcGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTc > 1:859445/1‑150 (MQ=255) ctgcgcCACCGTTTCAACCGTTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTgc > 2:2950511/3‑134 (MQ=255) gcgcCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTcag < 2:2580549/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTCAgcagca > 1:4486089/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTCAgcagca < 2:4079366/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTCAgcagca > 2:664157/1‑150 (MQ=255) | ACAGGCACTGAGCAAGGCCACGCACAACCCGGCACCGAGCAGGCGCGAGCCACGGCCACGGGTCAGTGCTTGCAGGGCACGGTGAAGTGGGGTCTGGGCAAAAGTCATAGCGGGGTTTCCAGAGCGGCGTCGGTACGCACGCC‑GCGCCAACGGTTGAAACGGTGGCGCAGGCGGTCCAGGTACAGGTAAACCACCGGCGTCGTATAAAGGGTGAGGATCTGGCTGAACACCAGGCCACCGATGATGGTCAGGCCCAGCGGCTGACGCATTTCTGCGCCTTCAGCCTGGCTCAGCAGCAA > NC_002947/4067818‑4068116 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |