| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,143,134 | T→A | 6.8% | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 → | L‑proline amide hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,143,134 | 0 | T | A | 6.8% | 528.9 / 20.8 | 161 | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 | L‑proline amide hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/80); new base A (4/7); total (73/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCGGCT > NC_002947/4142986‑4143283 | cTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGGTCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctg < 2:1956809/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctgg < 2:56558/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGAGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctgg < 2:2297936/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |