| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 367,365 | 0 | C | A | 5.8% | 669.4 / 18.9 | 196 | intergenic (‑48/+26) | PP_5442/PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/77); new base A (9/3); total (116/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GCATAGCTGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGG > NC_002947/367216‑367512 | gCATAGCTGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAgc < 1:177493/150‑1 (MQ=255) gCTGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGGACCAGCGCGct > 1:1894468/1‑150 (MQ=255) cTGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGATACCAGCGCGctc > 1:287547/1‑150 (MQ=255) 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aaCCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGAc > 2:2290818/1‑150 (MQ=255) cGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGc > 2:2873694/1‑96 (MQ=255) cGGGTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc < 2:1712239/110‑1 (MQ=255) cGGGTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc < 2:3506296/110‑1 (MQ=255) gggTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCgg < 1:3188703/150‑1 (MQ=255) gggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCgg > 1:436875/1‑150 (MQ=255) ggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCggg > 2:4264539/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTagag > 2:2686290/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTagag > 2:357229/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAgg > 2:333802/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAgg > 1:2947139/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAgg > 2:3397131/1‑150 (MQ=255) | GCATAGCTGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGG > NC_002947/367216‑367512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |