| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,588,040 | T→G | 6.1% | intergenic (+157/+60) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,588,040 | 0 | T | G | 6.1% | 418.4 / 10.6 | 127 | intergenic (+157/+60) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/82); new base G (2/7); total (38/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAA‑ACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGG > NC_002947/4587891‑4588184 | cgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAA‑ACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAAt > 2:3227985‑M1/95‑150 (MQ=255) atgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAA‑ACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATg‑c > 2:1282398‑M1/93‑150 (MQ=255) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAA‑ACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATg‑c < 2:3936632/150‑1 (MQ=255) 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TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:577702‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:1638720‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCCTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:662922‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCgcgc > 1:4473577‑M1/1‑77 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 2:3677817‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 1:2241566‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 2:3711996‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGTAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3886581‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGTAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3886639‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3427993‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 2:4392169‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:2325740‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 1:1059970‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 2:1107297‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtca > 1:1263948/1‑150 (MQ=255) gggcgggCCTTTACGG‑C‑GGGGCGCCCCCTGTTTGGCGCGGTTTACCCCGCTAAGCGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg < 2:1055330/145‑1 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1174944/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1174880/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 2:135763/1‑150 (MQ=255) cTTTAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGTTTGCAGCGGTTTAACCCGCTAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCgg < 2:2912125/150‑1 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACAGCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAGCGCACGCATGCGGACCTTCTGCACCTGGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:4450959/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:3809166/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:3809283/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 1:865200/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 1:3284116/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 1:865193/1‑150 (MQ=255) | CCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAA‑ACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGG > NC_002947/4587891‑4588184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |