| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,588,048 | T→G | 8.4% | intergenic (+165/+52) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,588,048 | 0 | T | G | 8.4% | 374.2 / 13.4 | 124 | intergenic (+165/+52) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/73); new base G (3/9); total (42/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTC > NC_002947/4587901‑4588192 | ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGc < 2:3222238/150‑1 (MQ=255)gaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGc > 1:2836393‑M1/85‑150 (MQ=255) gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGACAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGcc < 2:1115843/150‑1 (MQ=255) 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tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 1:1584540/150‑1 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 1:2875516/150‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCTCCAGTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGACGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 2:1878417/150‑1 (MQ=255) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 2:3545436/150‑1 (MQ=255) gctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:900305/150‑1 (MQ=255) 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TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:2094539‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:577702‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:1638720‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:400592‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCgcgc < 2:4473577‑M1/77‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCgcgc > 1:4473577‑M1/1‑77 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 2:3677817‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 1:2241566‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGTAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3886581‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGTAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3886639‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:3427993‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 2:4392169‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 1:1059970‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 2:1107297‑M1/150‑1 (MQ=255) GGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCgg < 1:1280083‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtca > 1:1263948/1‑150 (MQ=255) gggcgggCCTTTACGG‑C‑GGGGCGCCCCCTGTTTGGCGCGGTTTACCCCGCTAAGCGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg < 2:1055330/145‑1 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacgg > 2:3553999/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1174880/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1174897/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 2:135763/1‑150 (MQ=255) cTTTAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGTTTGCAGCGGTTTAACCCGCTAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCgg < 2:2912125/150‑1 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:3809166/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:3809283/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 1:3284116/1‑150 (MQ=255) ttGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 1:865200/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgtc > 1:3646550/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgtc > 1:2495740/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgtc > 1:1979372/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgtc > 1:1368954/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgtc > 2:3783293/1‑150 (MQ=255) | GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTC > NC_002947/4587901‑4588192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |