Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,677,305 | G→T | 10.8% | intergenic (+36/+68) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,677,305 | 0 | G | T | 10.8% | 298.6 / 2.6 | 127 | intergenic (+36/+68) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/73); new base T (4/13); total (40/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4677158‑4677452 | cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACACCGACGCCGGCCAGGACACTGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTGGGCGTGTAGGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGaa < 2:4521770/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGaa < 1:1347690/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGaa < 2:3980428/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACCACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGaa < 2:180227/150‑1 (MQ=255) aGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGcc < 2:1421632/150‑1 (MQ=255) gCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCg < 1:3761973/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGAc < 1:4125231/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGAc < 2:4047943/150‑1 (MQ=255) gTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTAACCCCG‑AATGCGTCA‑ATGAAATTTACGACGC‑At > 1:3725041/1‑150 (MQ=255) tGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑Att < 1:3273687/150‑1 (MQ=255) gACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑CATGGGGGA‑TTGTAGTTGCGGACGC‑AGTc > 2:4173435/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTcg < 1:4204250/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTcg < 2:3582694/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTTACCGCG‑AATTCGTGA‑TTGAATTTTGCGACGC‑AATagcg > 2:239106/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTTAAAGCG‑AATTGGTGA‑TTTTATTTTCCGAAGC‑ATTagcg > 2:239203/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 1:627479/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 1:4412326/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 1:4279505/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 1:2834889/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 2:934049/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCgg < 2:3307164/150‑1 (MQ=255) cTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTaaa < 1:1022220/150‑1 (MQ=255) cTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTaaa < 2:6886/150‑1 (MQ=255) cTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTaaa < 2:1494806/150‑1 (MQ=255) cTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTaaa < 2:1095536/150‑1 (MQ=255) tACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGGTTTACCC‑CG‑AATGCGGGC‑GGGGATTTGGCGCCGC‑CATCGCGGGGAAAc > 2:3908177/1‑150 (MQ=255) tACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTAACCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTTCCGACGC‑AATAGCGGGTAAAc > 2:705753/1‑150 (MQ=255) tACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTAACCGCG‑AATGCGGCA‑ATTAATTTGGCGACGC‑AATAGCGGGTaaaa > 2:2079841/1‑149 (MQ=255) 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gggTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAg > 1:174172/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCT‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGaa < 2:1149939/150‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGaa < 2:4447065/150‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGAGTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCACACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGaa > 1:154182/1‑150 (MQ=255) tttACCCGCG‑AATGCGTCG‑GCAAATTCAATGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAAc > 2:48964/1‑150 (MQ=37) ttACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAAGTTGCCGACGC‑AGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACg < 2:4402767/150‑1 (MQ=255) cccGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGTGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTc < 2:1190804/150‑1 (MQ=255) ccGCG‑AATGCGTCG‑GCAAATTCAATGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 2:3377455/1‑150 (MQ=37) ccGCG‑AATGCGTCG‑GCAAATTCAATGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:828821/1‑150 (MQ=37) ccGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:2463703/1‑150 (MQ=255) 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1:2481412/150‑1 (MQ=255) ttGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGAAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa < 2:1225182/150‑1 (MQ=255) | CTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCG‑AATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4677158‑4677452 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |