| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,850,120 | T→C | 6.8% | L81P (CTG→CCG) ‡ | PP_4263 → | cytochrome biogenesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,850,120 | 0 | T | C | 6.8% | 615.3 / 21.9 | 191 | L81P (CTG→CCG) ‡ | PP_4263 | cytochrome biogenesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/87); new base C (5/8); total (96/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CGCACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTCCA > NC_002947/4849971‑4850269 | cgcACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCGGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgct < 2:180815/150‑1 (MQ=255) gcACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCAGTGTCAGCGATGCCTGCGCCGGCCGGGTGCGGGGCCTGGCCGGCGGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctg > 2:590539/1‑150 (MQ=255) tAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:1084861/1‑150 (MQ=255) tAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:3219138/1‑150 (MQ=255) tAACATTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:2760797/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgctg < 2:3726153/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGc > 2:3023234/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCCAGCGCTGcc < 2:2903126/150‑2 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCACGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACACCCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCgg < 2:748359/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCgg < 1:3802728/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGACCGGCAGCGCCAGCGCTGccg < 1:199501/150‑3 (MQ=255) tGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCCAGCGCTGCcgg < 1:3535401/150‑1 (MQ=255) ccATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGggtgg < 2:2487277/150‑1 (MQ=255) ccccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTcgcg < 1:2473275/150‑1 (MQ=255) ccccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTcgcg < 1:4116389/150‑1 (MQ=255) ccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGc > 1:47309/1‑150 (MQ=255) cccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCa > 2:27909/1‑150 (MQ=255) cccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCa > 1:2857248/1‑150 (MQ=255) gAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActg > 1:1036978/1‑150 (MQ=255) gAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActg > 1:2874868/1‑150 (MQ=255) aacGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgc > 1:1759928/1‑150 (MQ=255) aacGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgc < 2:1013375/150‑1 (MQ=255) aacGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgc < 2:3112875/150‑1 (MQ=255) acGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgct > 2:4020870/1‑150 (MQ=255) acGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgct < 2:1251285/150‑1 (MQ=255) acGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGACCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgct < 1:739926/150‑1 (MQ=255) gcgGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGa < 1:616467/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGAtt < 2:3866416/150‑1 (MQ=255) 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cctgcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATggg < 2:1442642/150‑1 (MQ=255) tgcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGcc > 2:1284277/1‑150 (MQ=255) gcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCt > 1:1356624/1‑150 (MQ=255) gcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCt < 1:2298093/150‑1 (MQ=255) gcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGt < 1:1102537/150‑1 (MQ=255) 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ttGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCtg < 2:4474855/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCtg < 2:2653018/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTggc > 2:3796027/1‑150 (MQ=255) ggggCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTggc < 2:334957/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTggcg > 2:3465190/1‑150 (MQ=255) 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cccGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgct > 2:2011701/1‑150 (MQ=255) cccGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgct > 2:3084546/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctg > 1:4949/1‑150 (MQ=255) ccgCAGCGCCAGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGTCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc > 2:2331633/3‑150 (MQ=255) ccgCAGCGCCAGCGCTGCCGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCa < 1:2694474/46‑1 (MQ=21) ccgCAGCGCCAGCGCTGCCGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCa > 2:2694511/3‑48 (MQ=21) cGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc < 1:3959561/150‑1 (MQ=255) aGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAgt < 2:708303/150‑1 (MQ=255) cgctggcgctgCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAgtgt < 1:633884/150‑1 (MQ=255) ctggcgctgCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTcc < 1:2339992/150‑1 (MQ=255) | CGCACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTCCA > NC_002947/4849971‑4850269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |