| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,850,121 | G→A | 6.8% | L81L (CTG→CTA) ‡ | PP_4263 → | cytochrome biogenesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,850,121 | 0 | G | A | 6.8% | 604.4 / 22.8 | 191 | L81L (CTG→CTA) ‡ | PP_4263 | cytochrome biogenesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/87); new base A (5/8); total (96/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTCCAG > NC_002947/4849972‑4850270 | gcACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCAGTGTCAGCGATGCCTGCGCCGGCCGGGTGCGGGGCCTGGCCGGCGGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctg > 2:590539/1‑150 (MQ=255) tAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:1078170/1‑150 (MQ=255) tAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:3219138/1‑150 (MQ=255) tAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 1:3910044/1‑150 (MQ=255) tAACATTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgc > 2:2760797/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAgcgctggcgctg < 2:3726153/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGc < 1:2878899/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGc > 2:3023234/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCCAGCGCTGcc < 2:2903126/150‑2 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCACGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACACCCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCgg < 2:748359/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCgg < 1:3802795/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCCAGCGCTGccg < 2:109085/150‑3 (MQ=255) ttGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGACCGGCAGCGCCAGCGCTGccg < 1:199501/150‑3 (MQ=255) ccATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGggtgg < 2:2487277/150‑1 (MQ=255) ccccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTcgcg < 1:2473275/150‑1 (MQ=255) cccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCgg > 1:3084900/1‑150 (MQ=255) cccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCa > 1:1238717/1‑150 (MQ=255) cccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCa > 1:2857248/1‑150 (MQ=255) 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ccGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGGGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTgg > 1:1423091/1‑150 (MQ=255) gTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCg > 2:2089622/1‑150 (MQ=255) cagcagCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTcgcg > 1:3379843/1‑150 (MQ=255) cagcagCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGGATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTcgcg > 2:4079083/1‑150 (MQ=255) agcCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtg < 2:540344/150‑1 (MQ=255) cccGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgct > 2:2011701/1‑150 (MQ=255) cccGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgct > 2:3084546/1‑150 (MQ=255) ccgCAGCGCCAGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGTCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc > 2:2331633/3‑150 (MQ=255) ccgCAGCGCCAGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc > 1:812471/3‑150 (MQ=255) ccgCAGCGCCAGCGCTGCCGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCa > 2:2694511/3‑48 (MQ=21) ccgCAGCGCCAGCGCTGCCGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCa < 1:2694474/46‑1 (MQ=21) ccgCAGCGCCAGCGCTGCCGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc > 2:1405857/3‑150 (MQ=255) cGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc < 1:3959464/150‑1 (MQ=255) aGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAgt < 2:708303/150‑1 (MQ=255) aGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAgt < 2:1759928/150‑1 (MQ=255) ctggcgctgCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTcc < 1:2339992/150‑1 (MQ=255) | GCACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCTGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAGCGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGCCAGTGTCCAG > NC_002947/4849972‑4850270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |