| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,988,018 | C→G | 6.9% | P97R (CCG→CGG) | flgA → | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,988,018 | 0 | C | G | 6.9% | 697.1 / 31.9 | 204 | P97R (CCG→CGG) | flgA | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/72); new base G (2/12); total (120/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.89e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGCC > NC_002947/4987871‑4988166 | gTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCt < 2:3008102/150‑1 (MQ=255) gTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCACGGCCCAGCGGCt < 2:140/150‑1 (MQ=255) tttCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTg < 1:3100169/150‑1 (MQ=255) tttCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTg < 2:3065722/150‑1 (MQ=255) tCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTggg > 1:23779/1‑150 (MQ=255) tCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTggg > 1:1618068/1‑150 (MQ=255) gAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCGGCTGGGCCgg < 2:3814984/150‑2 (MQ=255) gAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCgt > 2:1120747/1‑150 (MQ=255) aaTTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCGGCTGGGCCggg < 1:4495938/150‑3 (MQ=255) aTTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCGGCTGGGCCgggc < 1:2940315/150‑4 (MQ=255) aTTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCACGGCCCAGCGGCTGGGCCgggc < 1:2709582/150‑4 (MQ=255) ttCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGAGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGtgtg > 2:4417319/1‑150 (MQ=255) tCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGa > 2:2060013/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACg > 1:3479359/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCACGGCCCAGCGGCTGGGCCgggctttc < 1:1825544/150‑8 (MQ=255) gTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTa > 2:1465458/1‑150 (MQ=255) ttGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTAc > 1:1415819/1‑150 (MQ=255) tGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACg > 2:3254218/1‑150 (MQ=255) aaGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGa < 1:4405906/150‑1 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGTCGTGTGACGGTACGGATa > 1:3725689/1‑150 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATa > 1:2309727/1‑150 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATa > 1:3745301/1‑150 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATa < 2:1226998/150‑1 (MQ=255) 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accCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACTCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCgca > 2:3842816/1‑150 (MQ=255) cccAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCgcag < 1:1064289/150‑1 (MQ=255) ccAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCgcagc > 2:3920077/1‑150 (MQ=255) ccAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCgcagc > 1:3114200/1‑150 (MQ=255) cAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCgcagca > 1:203382/1‑150 (MQ=255) 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aTCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCg > 1:4337107/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCgg > 2:48415/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCgg > 2:2456415/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGc > 1:2408389/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGc < 2:2197329/150‑1 (MQ=255) 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cTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTc < 1:1259837/150‑1 (MQ=255) gAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGc < 2:3808478/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAg > 2:2558148/1‑150 (MQ=255) cccGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAgg < 1:48415/150‑1 (MQ=255) cccGGCCCAGCCGCCGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAgg > 1:764075/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGcc < 1:1520974/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGcc < 1:2275894/150‑1 (MQ=255) | GGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGCC > NC_002947/4987871‑4988166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |