| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,127,066 | A→T | 6.1% | intergenic (+70/‑112) | PP_4511 → / → PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,127,066 | 0 | A | T | 6.1% | 398.0 / 3.7 | 128 | intergenic (+70/‑112) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/77); new base T (6/2); total (49/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGG > NC_002947/5126917‑5127215 | aaaGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTa > 2:1382235/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTaaa < 2:2323512/150‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAcc < 2:3191709/150‑1 (MQ=255) 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ttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGcgaa < 2:1717142/150‑4 (MQ=255) ttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGcgaa < 2:4481974/150‑4 (MQ=255) aGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:3611004/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa > 1:248661/1‑150 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa < 1:1043921/150‑1 (MQ=255) cggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGGAAACCCGCGCCTACAg > 2:4240728/1‑150 (MQ=255) ggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAgg < 1:1829296/150‑1 (MQ=255) ggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAgg > 2:2539617/1‑150 (MQ=255) gcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggt > 2:3013164/1‑149 (MQ=255) gcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGa < 2:3455603/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAc < 2:283045/150‑1 (MQ=255) ccTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAc < 1:4234251/150‑1 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCACCTTCGCGGGGAAACCCGCGACAAAAGGAAT‑CCCCCGCCTGAATGTTTTGCAAAAACt > 2:1284313/1‑150 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTa < 2:807718/150‑1 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTa < 1:3767711/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACt < 2:4404741/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCAGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACAGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACt > 2:1329281/1‑150 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACAGGAGG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAACACCTGTCGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGc < 2:3062275/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCACGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGca > 2:1732833/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCACCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGcaca > 1:3189343/1‑150 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACAt > 2:1529066/1‑150 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTCCAGGATG‑CCCCCTCCTGTTTGTTGCGCTACCCGTGTCGGAGG‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTg < 1:4128924/150‑1 (MQ=255) | AAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATG‑CCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGG > NC_002947/5126917‑5127215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |