Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,544,531 | 0 | C | A | 40.0% | 248.7 / inf | 277 | intergenic (+48/+66) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/106); new base A (50/60); total (109/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGA > NC_002947/1544382‑1544679 | ctgcATTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑Tacac < 1:1255268/150‑1 (MQ=255) tgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TAcaca > 2:6993829/1‑150 (MQ=255) tgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TAcaca < 2:1272119/150‑1 (MQ=255) tgatttttGCCCTGGCGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TAcaca < 1:7704549/146‑1 (MQ=255) tgaaTTTTGCCGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TAcaca < 1:6222699/147‑1 (MQ=38) cATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCGCATCGCGGGTAAACCCCCACC‑AAcacacg > 2:7966134/1‑148 (MQ=255) ggCCGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGgccgc < 1:7358014/149‑1 (MQ=39) cccTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGgccgcgc > 2:8338473/1‑150 (MQ=255) ggcgggGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCggcgcggccct < 2:104350/150‑6 (MQ=37) ggcggcGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCt < 1:6710871/150‑1 (MQ=255) cggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGTTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTAGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:1019502/150‑1 (MQ=255) ggggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTGGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 2:4607426/148‑1 (MQ=255) gggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 2:7059897/148‑1 (MQ=37) gcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGTTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 1:6794283/150‑1 (MQ=25) gcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGACGGCCTGGGGAAGGGGCTGTCGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 2:4916032/150‑1 (MQ=21) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:1182136/149‑1 (MQ=37) gggggggggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:6610003/149‑1 (MQ=25) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:3990849/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:5434451/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 1:4591500/149‑1 (MQ=255) cggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:4957969/150‑1 (MQ=37) gggggTGGCGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTGGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg < 1:7069251/150‑1 (MQ=255) ggggTGGGGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTTTGGTTTGTGTTGGTTGGGGGGCCTGGGTAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAgg < 1:1435498/150‑1 (MQ=21) ggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAgg < 2:626663/150‑1 (MQ=255) ggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 2:2318512/150‑1 (MQ=255) gggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 2:2712572/150‑1 (MQ=25) gggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 1:5467815/150‑1 (MQ=37) gggTGGGGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCGGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 1:378577/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 2:2889170/150‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGGTGGTGGTGGGTGGGCGGCCGGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTCCACCCGCGCC‑AACACAGGGCCCCCCCGCGGTggaggacc > 2:2055667/1‑148 (MQ=255) ggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCgg < 1:2108167/147‑1 (MQ=21) ggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCgg < 2:4307101/147‑1 (MQ=25) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 2:7638880/150‑1 (MQ=255) 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acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:142674/1‑150 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGCGCgatcagga > 1:6149511/1‑150 (MQ=255) | CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑TACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGA > NC_002947/1544382‑1544679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |