| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 3,827,929 | C→A | V28F (GTC→TTC) | ptxS ← | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,827,929 | 0 | C | A | 99.0% | 1481.1 / NA | 409 | V28F (GTC→TTC) | ptxS | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base A (174/231); total (178/231) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
CCAGCATGCCGATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCAATACAGCAAAAATGCGCGGGT > NC_002947/3827782‑3828075 | ccaGCATGCCGATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCCTCGGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGGTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTACCGGGAGAAgg > 2:4460984/1‑150 (MQ=255) aGCATGCCGATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTg < 1:3728061/150‑1 (MQ=255) gCATGCCGATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTgg > 1:2909985/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |